Der allgemein akzeptierte Ursprungspunkt des Lutheranismus liegt in der akademischen und kirchlichen Umgebung von Wittenberg, Sachsen, in den ersten Jahrzehnten des sechzehnten Jahrhunderts. Am 31. Oktober 1517 verfasste Martin Luther, damals ein Augustinermönch und Professor an der Universität Wittenberg, das Dokument, das heute als die Ninety-Five Theses bekannt ist. Die Thesen thematisierten das, was Luther als Missbräuche in der Praxis der Ablasshandel bezeichnete, und sie wurden in Latein für ein wissenschaftliches Publikum verfasst; der Tradition zufolge wurde Luthers Text an die Tür der All Saints' Church in Wittenberg, einem gängigen Aushängeort der damaligen Zeit, angebracht. Viele Historiker weisen jedoch darauf hin, dass, während die Thesen schnell zirkulierten und innerhalb weniger Wochen ins Deutsche übersetzt wurden, die tatsächliche Anbringung an der Kirchentür umstritten ist und von zeitgenössischen Zeugen unterschiedlich bezeugt wird. Diese Spannung – zwischen dem traditionellen Bericht über einen dramatischen öffentlichen Akt und dem archivierten Prozess der Verbreitung von Flugschriften – veranschaulicht ein wiederkehrendes Muster in der frühen Reformationsgeschichte: öffentliche Disputation, schnelle Druckverbreitung und mehrschichtige wissenschaftliche und populäre Rezeption.
Der Kontext der Thesen war kein Vakuum, sondern eine Reihe von lang entwickelnden Strömungen. Universitäten, Bettelorden, Diözesansysteme und das Papsttum waren alles Teile der spätmittelalterlichen Kirchenordnung. Luther war durch seine klösterliche Ausbildung in Erfurt, seine Vorgesetzten – darunter Johann von Staupitz – und die humanistischen Strömungen, die in den deutschen Ländern zirkulierten, geprägt worden. Der Drucker, der ein Jahrhundert zuvor nach Nordeuropa eingeführt worden war, erwies sich als entscheidend: Luthers lateinische und zunehmend auch seine deutschen Schriften verbreiteten sich im Heiligen Römischen Reich und darüber hinaus auf eine Weise, die in früheren Jahrhunderten unmöglich gewesen wäre. Die Kombination aus universitären Disputationen und Druckkultur verwandelte das, was möglicherweise eine lokale akademische Kontroverse geblieben wäre, innerhalb weniger Jahre in eine internationale religiöse Bewegung.
Von 1517 bis etwa 1525 diversifizierte sich die Bewegung um Luther schnell. Zu den frühen Schlüsselereignissen gehört die Leipziger Disputation (1519), in der Luther mit Johann Eck debattierte und in der Phrasen wie sola scriptura (allein die Schrift) schärfer definiert wurden im Gegensatz zu bestimmten mittelalterlichen theologischen Ansprüchen. 1521 trat Luther vor den Reichstag zu Worms, eine kaiserliche Versammlung, in der er berühmt (und umstritten) weigerte, bestimmte Schriften zu widerrufen; Historiker datieren diese Sitzung auf April 1521. Luthers anschließende Abgeschiedenheit auf der Wartburg (Mai 1521–März 1522), allgemein als sein Wartburg-Exil bezeichnet, ermöglichte es ihm, das Neue Testament ins Deutsche zu übersetzen (veröffentlicht 1522 als das Neue Testament auf Deutsch), ein Akt, der tiefgreifende sprachliche, fromme und kirchliche Konsequenzen hatte und die populäre Reichweite der Bewegung weiter förderte.
Die frühe Gemeinschaft, die sich um Luther formierte, war kein einheitlicher, monolithischer Körper. Städtische Magistrate, Fürsten wie Friedrich der Weise von Sachsen (der Luther schützte) und Stadträte spielten eine entscheidende Rolle dabei, ob und wie Reformen umgesetzt wurden. Die Bauernaufstände von 1524–1525 führten eine weitere Bruchlinie ein. Viele Bauern beriefen sich auf reformatorische Rhetorik, um soziale und wirtschaftliche Forderungen zu stellen; Luther selbst verfasste Schriften, die die Gewalt des Aufstands verurteilten und zur Fürstenunterdrückung aufriefen, eine Haltung, die von Wissenschaftlern als ein Schlüsselmoment analysiert wurde, in dem religiöse Reform nicht in soziale Revolution umschlug. Die gewaltsame Unterdrückung des Bauernkriegs desillusionierte einige radikale Elemente und drängte andere – wie die Anabaptisten – auf separate Wege.
Die institutionelle Bildung erfolgte, als Reformatoren versuchten, die Lehre zu artikulieren und politischen sowie rechtlichen Raum für ihre Lehren zu sichern. Ein wegweisendes Dokument in dieser institutionellen Phase war das Augsburger Bekenntnis, das von Philipp Melanchthon entworfen und im Juni 1530 beim Reichstag zu Augsburg als Zusammenfassung der lutherischen Lehre für die Reichsstände präsentiert wurde. Das Bekenntnis (Confessio Augustana) diente sowohl als theologisches Statement als auch als politisches Instrument, das eine konfessionelle Identität innerhalb der rechtlichen Strukturen des Heiligen Römischen Reiches zu definieren suchte. Seine Präsentation im Jahr 1530 wird von Historikern weithin als ein grundlegender verfassungsrechtlicher Akt bei der Entstehung einer eigenständigen lutherischen Kirchenverfassung angesehen.
Bis zur Mitte des sechzehnten Jahrhunderts war die religiöse Landkarte Nord- und Mitteleuropas dramatisch umgestaltet worden. Lutherische Reformen wurden in zahlreichen Territorialkirchen – Wahlmonarchien, Fürstentümern und freien Städten – etabliert, durch einen Prozess, den spätere Historiker als Territorialisierung bezeichneten. Der Augsburger Frieden von 1555 kodifizierte im kaiserlichen Recht das Prinzip cuius regio, eius religio (wessen Reich, dessen Religion), das es den Herrschern ermöglichte, die Konfession ihrer Territorien zu bestimmen; die Regelung von 1555 war somit eine formative rechtliche Anerkennung konfessioneller Pluralität, auch wenn sie die staatliche Kontrolle über die Kirchenstrukturen verfestigte.
Die Konfessionalisierung setzte sich nach Luthers Tod 1546 fort. Das Buch der Konfession (1580) fasste später die konfessionellen Schriften zusammen, die von vielen, die die Wissenschaft später als "lutherisch" bezeichnet, als normativ angesehen wurden. Das Buch der Konfession vereinte das Augsburger Bekenntnis, Luthers Kleine und Große Katechismen (1529), die Smalcald Artikel (1537) und andere doktrinäre Texte. Für die Anhänger fungiert dieser Corpus nicht nur als historische Dokumente, sondern als autoritative Zusammenfassungen lutherischer Lehre und pastoraler Praxis. Für Historiker markiert das Buch der Konfession eine mid-century Reifung der theologischen Selbstdefinition als Reaktion auf interne Streitigkeiten und externe Druck.
Von der ersten Disputation 1517 bis zu den konfessionellen Regelungen des späten sechzehnten Jahrhunderts war die Geburt des Lutheranismus somit weder ein einzelnes Ereignis noch ein reibungsloses institutionelles Projekt. Sie vereinte disputative Theologie, biblische Exegese, volkssprachlichen Druck, politische Allianzen und umstrittene soziale Kämpfe. Das Bild der Ninety-Five Theses als der einzige "Motor" der Reformation ist als Erzählung überzeugend – Luthers Handlung belebte Debatten und wurde schnell durch den Druck verstärkt – aber Wissenschaftler betonen, dass der Motor viele Kolben hatte: universitäre Disputation, Laienrezeption, fürstlichen Schutz und breitere kulturelle Kräfte.
Vergleichend ähnelt das Aufkommen des Lutheranismus anderen Reformbewegungen in der frühen Neuzeit in Europa, da es schnell von akademischer Kritik zu massenhaftem Diskurs durch Medien- und Patronagenetzwerke überging; es unterscheidet sich jedoch in den charakteristischen theologischen Formulierungen, die Luther und seine Kollegen entwickelten – insbesondere in den Lehren von der Rechtfertigung und dem Verständnis der Sakramente – die diese Tradition auf einen separaten Kurs von sowohl dem spätmittelalterlichen Katholizismus als auch den separaten Strängen des reformierten Protestantismus, die in Genf und Zürich entstanden, setzten. Das Zusammenspiel von doktrinärer Innovation und institutioneller Verhandlung – was als authentische Lehre zählt, wer sie predigen darf und welche Herrscher sie schützen werden – machte den Lutheranismus von seinen frühesten Tagen an zu einem lebendigen religiösen Projekt und nicht zu einem geschlossenen doktrinären System.