L'Église assyrienne de l'Est trace ses origines institutionnelles aux communautés chrétiennes qui se sont développées au sein de l'Empire perse sassanide à la fin de l'Antiquité. Les chercheurs historiquement orientés situent le moment décisif de formation au début du cinquième siècle, lorsque plusieurs synodes et la consolidation d'une structure hiérarchique centrée à Séleucie-Ctésiphon (la ville jumelle impériale de Ctésiphon, près de l'actuel Bagdad) ont donné à l'Église une organisation adaptée à la vie sous la domination perse. Le Synode de Séleucie-Ctésiphon de 410 est couramment cité par les historiens comme un tournant : il a réorganisé les diocèses, établi une hiérarchie métropolitaine et produit des canons pour le clergé et les laïcs qui régulaient le mariage, la liturgie et l'administration. La tradition elle-même désigne souvent ce synode comme fondamental ; les historiens considèrent également 410 comme un jalon concret dans la formation institutionnelle.
L'Église a émergé dans un environnement bilingue : l'araméen (dans sa forme littéraire syriaque) était la langue ecclésiale dominante, tandis que le persan moyen était la langue de cour environnante. Cet horizon bilingue a façonné la compréhension de soi de l'Église et ses stratégies de survie. Vivant à l'intérieur des frontières territoriales de l'État sassanide, les communautés de chrétiens syriens de l'Est se sont retrouvées en dehors du contrôle immédiat de l'Église impériale romaine (byzantine). Cette séparation politique était significative : lorsque le concile byzantin d'Éphèse en 431 a condamné la théologie associée à l'époque au patriarche Nestorius de Constantinople, les communautés à l'est de la frontière ont reçu cette controverse à travers un prisme différent. Le terme « nestorien » est un terme externe contesté ; les adhérents et les chercheurs modernes notent qu'il a émergé comme un épithète polémique et que les propres formulations christologiques de l'Église se sont développées au cours de plusieurs siècles dans un idiome syriaque.
À partir du cinquième siècle, une vie intellectuelle distinctive a prospéré. L'École de Nisibis, qui s'est déplacée du côté perse de la frontière, est devenue un centre pour l'exégèse biblique, la théologie et la formation du clergé ; ses méthodes pédagogiques et son corpus textuel sont bien attestés dans les sources syriaques. À la fin de la période antique, l'Église avait produit un corpus de textes liturgiques syriaques, de commentaires et de traductions bibliques qui sont devenus la mémoire de la communauté.
L'expansion missionnaire est un chapitre critique de l'histoire précoce de l'Église. Au septième siècle, il existe des preuves documentaires — le plus célèbre étant le récit de la mission d'Alopen à Chang'an (la capitale Tang) en 635 et la stèle nestorienne de 781 à Xi'an — que les chrétiens syriens de l'Est ont établi des communautés le long de la Route de la Soie et ont obtenu des audiences impériales en Chine Tang. Ces contacts démontrent que l'Église n'était pas une secte rurale paroissiale mais un acteur transrégional avec des réseaux s'étendant en Asie centrale, en Chine et en Inde.
La transformation du Proche-Orient par les conquêtes arabo-musulmanes du septième siècle a modifié le contexte politique de l'Église, mais n'a pas éliminé sa vie institutionnelle. Sous les différents régimes islamiques, l'Église a négocié un statut de dhimmi qui lui a permis une autonomie interne — en particulier en matière de droit de la famille et de liturgie — en échange d'une taxe et d'une position légale subordonnée. Cette relation variait considérablement selon les lieux et les époques, produisant de longues périodes de coexistence et des épisodes intermittents de tension et de persécution.
Le développement théologique interne s'est poursuivi parallèlement aux pressions externes. Les sixième et septième siècles ont vu des théologiens tels que Babai le Grand articuler des catégories christologiques et métaphysiques nuancées en syriaque qui abordaient à la fois les disputes locales et les controverses christologiques plus larges du monde chrétien. Le monachisme est également devenu une force formatrice : des monastères comme le complexe de Rabban Hormizd près d'Alqosh se sont développés en tant que centres de formation spirituelle et de production de manuscrits. Les monastères fonctionnaient simultanément comme des dépôts locaux de mémoire et comme des nœuds dans un réseau ecclésial plus large.
La continuité et la rupture institutionnelles caractérisent les siècles suivants. La période médiévale a été marquée par une expansion et une contraction alternées : l'Église de l'Est a atteint une nouvelle notoriété sous le patronage mongol au XIIIe siècle, lorsque le clergé et les moines syriens de l'Est ont eu accès aux cours de la Chine à l'Anatolie. À d'autres moments, la guerre, le changement démographique et les persécutions locales ont réduit les diocèses à la mémoire. L'expérience de la diplomatie et des voyages médiévaux — des figures telles que le moine-ambassadeur Rabban Bar Sauma qui a engagé des cours de Pékin à Rome — illustre l'ampleur transcontinentale continue de l'Église.
Au début de l'ère moderne, la vie interne de l'Église était devenue contestée selon de nouveaux termes. Les rivalités, les rivalités régionales et la pression de l'activité missionnaire catholique au XVIe siècle ont précipité des schismes et l'émergence de groupes qui entreraient plus tard en communion avec Rome (la lignée catholique chaldéenne). Ces développements font partie de l'histoire vivante de l'Église : la famille institutionnelle que les historiens appellent l'Église de l'Est a connu fragmentation, réalignement et adaptation sous la domination ottomane et qajar.
Deux tensions se distinguent dans le récit fondateur. Premièrement, il existe une tension terminologique persistante : l'étiquette externe « nestorien » simplifie un ensemble complexe de catégories christologiques syriaques et a été rejetée par de nombreux membres de la tradition ; pourtant, cette étiquette a façonné la manière dont les écrivains latins et byzantins médiévaux percevaient l'Église. Deuxièmement, il existe une tension politico-culturelle entre le fait d'être une Église formée en dehors des structures byzantines et le désir — à divers moments — de rester en communion avec d'autres communautés chrétiennes tout en préservant des pratiques liturgiques et théologiques distinctes. Ces tensions — terminologiques et politiques — aident à expliquer pourquoi l'auto-narration de l'Église et la manière dont elle était représentée par des extérieurs divergent parfois.
En résumé, l'Église assyrienne de l'Est émerge au cinquième siècle en tant que corps chrétien organisé au sein du monde sassanide, développe une riche culture théologique et monastique syriaque, devient une présence missionnaire le long de la Route de la Soie et navigue à travers des siècles de régimes politiques changeants. Les institutions et les textes qui se sont coalisés à la fin de l'Antiquité — synodes, écoles, liturgie syriaque de l'Est — restent formatifs pour l'identité contemporaine de l'Église.