La tradition baptiste émerge au début du XVIIe siècle dans le contexte des dissidences protestantes anglaises. La période allant d'environ 1600 à 1650 en Angleterre et dans les Pays-Bas est souvent qualifiée d'âge des Séparatistes et des mouvements de Réforme radicale : des groupes et des individus qui ont rejeté le compromis de l'établissement élisabéthain avec la politique épiscopale et ont cherché une église plus purement alignée sur leur interprétation du Nouveau Testament. Deux impulsions interconnectées ont façonné ce qui deviendrait l'identité baptiste durant cette époque formative : la conviction que le baptême devrait être réservé aux croyants professants et la conviction que les congrégations locales devraient jouir d'une autonomie vis-à-vis des structures ecclésiales hiérarchiques. Ces impulsions ont pris des formes institutionnelles concrètes, contestées et parfois expérimentales dans différents lieux.
Un point d'origine clair et documenté pour de nombreux historiens est la congrégation d'Amsterdam de 1609, où un pasteur séparatiste anglais et ses partisans ont adopté le baptême des croyants par immersion. John Smyth (né vers 1570) est une figure clé associée à cette congrégation ; lui et d'autres ont effectué les premiers baptêmes d'adultes de style baptiste enregistrés à Amsterdam en 1609. Cet événement—le baptême de ceux qui professent la foi plutôt que des nourrissons—sert de moment identifiable où les pratiques et la théologie qui marquent de nombreux baptistes ultérieurs ont été d'abord mises en œuvre dans un cadre ecclésial visible.
Non loin derrière l'épisode d'Amsterdam se trouve le travail de Thomas Helwys (vers 1575–vers 1616). Après un temps d'exil aux Pays-Bas, Helwys est retourné en Angleterre et a ramené le principe de l'indépendance des églises congrégationnelles dans un environnement où la conformité à l'église d'État était imposée par la loi. Helwys est également associé à une articulation précoce de la liberté religieuse en Angleterre ; il a adressé une déclaration sur la liberté de conscience au roi Jacques Ier—l'une des premières défenses étendues en anglais de l'idée selon laquelle les autorités civiles ne devraient pas contraindre la croyance religieuse. Les confrontations de Helwys avec l'État anglais ont abouti à son emprisonnement ; il est généralement rapporté qu'il est mort en détention ou peu après, et ses écrits demeurent une référence dans les histoires des relations entre l'Église et l'État.
De l'autre côté de l'Atlantique, l'impulsion baptiste a pris une forme distinctement américaine durant l'ère coloniale. Roger Williams (1603–1683), un ministre puritain expulsé de la colonie de la baie du Massachusetts, est une figure précoce importante de l'histoire baptiste nord-américaine. Williams a fondé la colonie de Providence en 1636 et y a établi une congrégation baptiste à une date souvent donnée comme 1638 ; il a combiné une défense énergique de la liberté de l'âme avec l'établissement d'une politique qui refusait d'imposer une seule conscience religieuse par la loi. L'engagement de Williams en faveur de la séparation de l'Église et de l'État et de la liberté de conscience lui a permis d'avoir une influence au-delà des cercles strictement baptistes et a positionné la communauté de foi qu'il a aidé à former comme un acteur significatif dans l'émergence du pluralisme religieux dans l'Amérique coloniale.
Les premiers baptistes anglais ne constituent pas un groupe monolithique. Les historiens distinguent au moins deux courants qui se sont développés aux XVIIe et XVIIIe siècles : les Baptistes généraux, souvent associés à une compréhension arminienne de l'expiation et à un ethos plus inclusif, et les Baptistes particuliers, qui ont généralement adopté une soteriologie calviniste et ont ensuite formulé la Confession de foi baptiste de Londres de 1689 comme norme confessionnelle. Ces différences théologiques étaient réelles et ont façonné des modèles d'organisation, de culte et d'alliances avec d'autres groupes protestants. L'émergence de ces deux familles au sein du mouvement précoce démontre une diversité théologique interne à ses racines mêmes.
La consolidation institutionnelle a suivi la pratique et la théologie. À la fin du XVIIe et au début du XVIIIe siècle, les congrégations baptistes ont commencé à former des associations et des confessions pour un conseil mutuel, comme la Confession de foi baptiste de Londres de 1689, que de nombreux Baptistes particuliers citaient comme norme doctrinale. En Amérique du Nord coloniale, l'Association de Philadelphie—établie en 1707—illustre comment les premières églises baptistes ont utilisé l'association volontaire pour coopérer en matière de ministère et de missions tout en conservant une indépendance congrégationnelle formelle.
La persécution et la dissidence sont des thèmes récurrents dans l'histoire des origines. En Angleterre au XVIIe siècle, la loi favorisait l'Église d'Angleterre et punissait la non-conformité ; les baptistes et d'autres dissidents faisaient face à des amendes, à l'emprisonnement et à une marginalisation sociale. Cette pression a façonné une grande partie de leur théologie politique précoce et explique pourquoi les questions de liberté religieuse occupent une place centrale dans les récits de figures telles que Helwys et Williams. La tension entre la conscience et l'autorité de l'État n'est donc pas simplement théorique dans les origines baptistes ; c'était un conflit existentiel, vécu.
La mission et l'expansion constituent une autre dynamique structurelle des siècles formateurs. Bien que les premiers baptistes aient été peu nombreux, les impulsions missionnaires ont commencé à croître à partir de la fin du XVIIIe siècle—souvent liées aux réveils évangéliques qui ont balayé la Grande-Bretagne et l'Amérique du Nord. La formation de sociétés missionnaires organisées à la fin des années 1700 marque une transition des congrégations locales, souvent clandestines, vers des institutions cherchant à façonner une présence baptiste mondiale.
Les historiens comparatifs placent souvent les baptistes au sein de la grande famille des dissidents protestants—aux côtés des congrégationnalistes, des quakers et des presbytériens—mais soulignent la combinaison distinctive du baptême des croyants et de l'autonomie congrégationnelle. Cette combinaison produit à la fois un marqueur théologique (une doctrine de l'Église et des sacrements) et une conséquence ecclésiologique (l'autogouvernance locale) qui ont rendu les baptistes particulièrement résistants aux structures ecclésiastiques centralisées tout en encourageant une prolifération de congrégations indépendantes.
Ainsi, la phase fondatrice de l'identité baptiste s'étend d'Amsterdam à Londres en passant par la Nouvelle-Angleterre et une période dominée par des luttes juridiques, des débats théologiques et l'établissement de congrégations cherchant à incarner, dans la pratique, une ecclésiologie du Nouveau Testament réimaginée. Les événements du XVIIe siècle—les baptêmes de Smyth à Amsterdam en 1609, les écrits et l'emprisonnement de Helwys, et les expériences coloniales de Roger Williams—restent centraux, tant dans la mémoire dénominationnelle que dans les récits académiques, pour comprendre comment le baptême des croyants et l'autonomie congrégationnelle sont devenus des marques définissantes de la tradition baptiste vivante.