L'émergence du judaïsme karaïte est traditionnellement située au huitième siècle de notre ère au Moyen-Orient, une période d'intense activité religieuse et intellectuelle sous le califat ʻabbāside précoce. Les adhérents retracent couramment l'origine du mouvement à la figure d'Anan ben David, qui est traditionnellement daté du milieu du huitième siècle (souvent vers 715–795). La question religieuse et historique des origines est contestée : la tradition karaïte médiévale identifie Anan comme un prétendant persécuté à l'exilarchat qui a formulé une communauté refusant l'autorité rabbinique, tandis que de nombreux historiens modernes plaident pour un ensemble de développements plus complexe et multi-local en Perse, en Babylonie (Irak) et au Levant durant la même période. Les deux récits — traditionnel et académique — sont importants pour comprendre comment le mouvement se décrivait et comment il était traité par ses contemporains.
Les traces documentaires concrètes du karaïsme précoce sont rares, mais la littérature polémique et juridique médiévale enregistre des interactions entre les « scripturalistes » et les Juifs rabbiniques dans des lieux tels que Bagdad, Alep et Jérusalem. Un jalon vérifiable dans l'histoire précoce est l'apparition d'écrits et de disputes juridiques attribués aux huitième et neuvième siècles parmi des communautés centrées à Nahavand (dans l'Iran actuel) et d'autres villes perses ; les chercheurs nomment parfois une deuxième figure précoce, Benjamin al-Nahawandi, comme un leader influent des cercles scripturalistes actifs dans le même milieu. Le dossier historique montre une coalescence progressive des méthodes juridiques scripturalistes (accent sur les lectures littérales de la Bible hébraïque et le raisonnement indépendant) plutôt qu'un schisme instantané.
Aux dixième et onzième siècles, les communautés karaïtes sont devenues plus visiblement organisées dans les principaux centres urbains juifs du monde islamique médiéval. Un lieu particulièrement important pour le développement de la littérature karaïte était Jérusalem et la Méditerranée orientale ; le Geniza du Caire — un dépôt de manuscrits hébreux médiévaux découvert dans la synagogue Ben Ezra — contient des textes et des lettres qui éclairent les contacts entre les karaïtes et d'autres groupes juifs sous le règne fatimide. Marina Rustow et d'autres historiens ont utilisé le matériel du Geniza pour montrer que les karaïtes participaient aux mêmes réseaux sociaux et économiques que les autres Juifs, tout en maintenant néanmoins des pratiques juridiques distinctives.
Les contextes impériaux ottoman et byzantin ont offert à la fois des opportunités et des contraintes. Au douzième siècle, il y avait un corpus reconnaissable d'exégèse karaïte et de textes juridiques. Judah Hadassi, un érudit du douzième siècle, a composé une œuvre encyclopédique de théologie et de droit karaïte, et son Eshkol (une phrase souvent traduite par 'Grappes' ou 'Collection') est un exemple concret d'une première tentative de codifier les positions scripturalistes pour un usage communautaire. De telles œuvres indiquent qu'à la fin du Moyen Âge, le karaïsme n'était pas simplement un ensemble lâche de dissidents laïques, mais avait institutionnalisé la recherche, la liturgie et les codes juridiques.
Il y avait également une tension persistante entre les karaïtes et les Juifs rabbiniques. Les responsa et les polémiques rabbiniques médiévales — par exemple, celles préservées dans les écrits de Saadia Gaon au dixième siècle — montrent que les élites rabbiniques considéraient l'exégèse karaïte à la fois comme un défi théologique et comme un miroir qui aidait à définir la compréhension de soi rabbinique. Saadia et d'autres ont répondu de manière argumentative aux lectures karaïtes des Écritures ; les historiens considèrent ces débats comme des preuves de la vitalité des deux communautés.
À la fin de la période médiévale, le mouvement avait produit des codes systématiques et des traités théologiques qui résonnaient et divergeaient des genres rabbiniques. Aaron ben Elijah de Nicomédie (quatorzième siècle) a compilé Etz Hayyim (Arbre de Vie), un traité théologique et juridique majeur qui tentait d'établir une doctrine karaïte cohérente ; cette œuvre reste un jalon vérifiable dans la littérature de la tradition. L'Aderet Eliyahu d'Elijah Bashyazi, du quinzième siècle, a ensuite fonctionné pour de nombreuses communautés comme un code juridique pratique analogue dans son rôle social (si ce n'est dans son contenu) aux codes rabbiniques tels que le Mishneh Torah de Maïmonide.
La géographie a façonné le caractère du mouvement. Les centres en Irak et en Perse ont contribué à des méthodes linguistiques et philologiques d'exégèse ; les communautés syriennes et palestiniennes ont mis l'accent sur la pratique rituelle associée à la terre et aux saisons ; les communautés de Crimée et de Roumanie ont développé leurs propres liturgies et structures communautaires durant les règnes ottoman et russe. Ces différences régionales sont des faits historiques concrets visibles dans les traditions manuscrites et les registres communautaires.
Les développements politiques externes ont affecté la fortune des karaïtes. Sous le règne ottoman, les karaïtes ont bénéficié d'une variété de statuts dans le cadre du système millet de l'empire ; dans l'Empire russe et plus tard dans les États-nations modernes, ils ont rencontré de nouvelles pressions et opportunités qui ont redéfini la vie communautaire. Le dix-neuvième siècle, par exemple, a vu des figures éminentes comme Abraham Firkovich (1786–1874), un collectionneur de manuscrits, dont les activités en Crimée et dans la bureaucratie impériale russe ont eu des effets durables sur la préservation et la représentation du patrimoine textuel karaïte.
La recherche moderne considère la fondation non pas comme un moment unique mais comme un processus de longue durée qui a inclus des réveils scripturalistes locaux, des enseignants influents, une codification juridique et des interactions avec les sociétés juives et non juives environnantes. Les propres récits de la tradition soulignent souvent une rupture claire avec l'autorité rabbinique liée à une personnalité fondatrice ; les historiens mettent l'accent sur une mosaïque d'expressions régionales et de ferment intellectuel. Les deux perspectives aident à expliquer pourquoi, à la fin du monde médiéval, le karaïsme était à la fois reconnaissablement juif et distinct — une identité confessionnelle minoritaire avec ses propres textes, institutions et revendications sur la méthode appropriée d'autorité et d'interprétation.
Comprendre ces premiers siècles est crucial car les choix faits alors — de prioriser la Torah écrite, de développer des méthodes d'exégèse indépendantes et d'institutionnaliser un leadership érudit plutôt que d'accepter la prééminence rabbinique — continuent de façonner la manière dont les karaïtes encadrent la loi, le rituel et la communauté dans le présent.