Le point d'origine communément accepté du luthéranisme est l'environnement académique et ecclésial de Wittenberg, en Saxe, dans les premières décennies du seizième siècle. Le 31 octobre 1517, Martin Luther, alors moine augustin et professeur à l'Université de Wittenberg, rédigea le document désormais connu sous le nom de Ninety-Five Theses. Les Thèses abordaient ce que Luther caractérisait comme des abus dans la pratique des indulgences, et elles étaient écrites en latin pour un public savant ; la tradition soutient que le texte de Luther a été affiché sur la porte de l'Église de Tous les Saints à Wittenberg, un tableau d'affichage courant de l'époque. Cependant, de nombreux historiens notent que, bien que les Thèses aient circulé rapidement et aient été traduites en allemand pour un public plus large en quelques semaines, l'affichage littéral sur la porte de l'église est débattu et attesté différemment par des témoins contemporains. Cette tension — entre le récit traditionnel d'un acte public dramatique unique et le processus documenté archivistiquement de circulation de pamphlets — illustre un schéma récurrent dans l'histoire précoce de la Réforme : la disputation publique, la diffusion rapide par l'imprimerie et la réception savante et populaire en couches.
Le contexte des Thèses n'était pas un vide, mais un ensemble de courants en développement depuis longtemps. Les universités, les ordres mendiants, les systèmes diocésains et la papauté faisaient tous partie de l'ordre ecclésiastique médiéval tardif. Luther avait été façonné par sa formation monastique à Erfurt, par ses supérieurs — parmi lesquels Johann von Staupitz — et par les courants humanistes circulant dans les terres allemandes. L'imprimerie, introduite en Europe du Nord un siècle plus tôt, s'est révélée décisive : les écrits en latin de Luther et, de plus en plus, ses écrits en allemand se sont répandus à travers le Saint-Empire romain germanique et au-delà d'une manière qui aurait été impossible dans les siècles précédents. La combinaison de la disputation universitaire et de la culture imprimée a transformé ce qui aurait pu rester une controverse académique locale en un mouvement religieux international en l'espace de quelques années.
De 1517 à environ 1525, le mouvement autour de Luther s'est rapidement diversifié. Parmi les événements clés, on trouve la Disputation de Leipzig (1519), où Luther a débattu avec Johann Eck et où des phrases telles que sola scriptura (l'Écriture seule) ont commencé à être plus clairement définies en opposition à certaines revendications théologiques médiévales. En 1521, Luther a comparu devant la Diète de Worms, une assemblée impériale où il a refusé de manière célèbre (et controversée) de rétracter certains écrits ; les historiens datent cette session d'avril 1521. L'isolement ultérieur de Luther au Château de Wartburg (mai 1521–mars 1522), communément appelé son exil de Wartburg, lui a permis de traduire le Nouveau Testament en allemand (publié en 1522 sous le titre de Nouveau Testament en allemand), un acte qui a eu des conséquences linguistiques, dévotionnelles et ecclésiales profondes et a élargi la portée populaire du mouvement.
La communauté précoce qui s'est formée autour de Luther n'était pas un corps unique et monolithique. Les magistrats urbains, des princes tels que Frédéric le Sage de Saxe (qui protégea Luther), et les conseils municipaux ont joué un rôle décisif dans la manière dont la réforme a été mise en œuvre. Les révoltes paysannes de 1524–1525 ont introduit une autre ligne de fracture. De nombreux paysans ont invoqué la rhétorique de la réforme pour faire pression sur des revendications socio-économiques ; Luther lui-même a produit des écrits qui condamnaient la violence de la révolte et exhortaient à la répression princière, une position que les chercheurs ont analysée comme un moment clé où la réforme religieuse ne s'est pas traduite en révolution sociale. La répression violente de la Guerre des Paysans a désillusionné certains éléments radicaux et a poussé d'autres — les anabaptistes, par exemple — sur des chemins séparés.
La formation institutionnelle s'est produite alors que les réformateurs cherchaient à articuler une doctrine et à sécuriser un espace politique et légal pour leurs enseignements. Un document marquant dans cette phase institutionnelle fut la Confession d'Augsbourg, rédigée par Philippe Mélanchthon et présentée à la Diète d'Augsbourg en juin 1530 comme un résumé de l'enseignement luthérien pour les États impériaux. La Confession (Confessio Augustana) servait à la fois de déclaration théologique et d'instrument politique, cherchant à définir une identité confessionnelle au sein des structures légales du Saint-Empire romain germanique. Sa présentation en 1530 est largement considérée par les historiens comme un acte constitutionnel fondateur dans l'émergence d'une politique ecclésiastique luthérienne distincte.
Au milieu du seizième siècle, la carte religieuse de l'Europe du Nord et centrale avait été dramatiquement remaniée. Les réformes luthériennes s'étaient établies dans de nombreuses églises territoriales — électorats, principautés et villes libres — à travers un processus que les historiens ultérieurs ont appelé territorialisation. La Paix d'Augsbourg en 1555 a codifié, dans le droit impérial, le principe cuius regio, eius religio (à qui appartient le royaume, à lui la religion), permettant aux souverains de déterminer la confession de leurs territoires ; le règlement de 1555 était donc une reconnaissance légale formative de la pluralité confessionnelle, même s'il a renforcé le contrôle de l'État sur les structures ecclésiastiques.
La confessionnalisation a continué après la mort de Luther en 1546. Le Livre de Concorde (1580) a ensuite compilé les écrits confessionnels qui seraient considérés comme normatifs par de nombreux individus que la recherche désigne par la suite comme "luthériens". Le Livre de Concorde a rassemblé la Confession d'Augsbourg, les Petits et Grands Catéchismes de Luther (1529), les Articles de Smalkalde (1537) et d'autres textes doctrinaux. Pour les adhérents, ce corpus fonctionne non seulement comme des documents historiques mais comme des résumés autoritaires de la doctrine luthérienne et de la pratique pastorale. Pour les historiens, le Livre de Concorde marque une maturation théologique du milieu du siècle en réponse à des disputes internes et à des pressions externes.
De la première disputation en 1517 aux règlements confessionnels de la fin du seizième siècle, la naissance du luthéranisme n'a donc été ni un événement unique ni un projet institutionnel fluide. Elle a combiné théologie disputante, exégèse scripturaire, impression en langue vernaculaire, alliances politiques et luttes sociales contestées. L'image des Ninety-Five Theses comme le "moteur" unique de la Réforme est convaincante en tant que récit — l'acte de Luther a galvanisé les débats et a été rapidement amplifié par l'imprimerie — mais les chercheurs soulignent que le moteur avait de nombreux pistons : disputation universitaire, réception laïque, protection princière et forces culturelles plus larges.
Comparativement, l'émergence du luthéranisme ressemble à d'autres mouvements de réforme dans l'Europe moderne précoce en ce qu'elle est passée rapidement de la critique académique au discours de masse à travers des réseaux médiatiques et de patronage ; elle diffère cependant par les formulations théologiques distinctives que Luther et ses collègues ont développées — en particulier les doctrines de la justification et la compréhension des sacrements — qui ont placé cette tradition sur une trajectoire distincte tant du catholicisme médiéval tardif que des courants séparés du protestantisme réformé en développement à Genève et à Zurich. L'interaction entre l'innovation doctrinale et la négociation institutionnelle — ce qui compte comme un enseignement authentique, qui peut le prêcher et quels souverains le protégeront — a fait du luthéranisme, dès ses débuts, un projet religieux vivant plutôt qu'un système doctrinal clos.