Jōdo Shinshū émerge à la fin du XIIe et au début du XIIIe siècle au Japon comme une interprétation distincte de la tradition de la Terre Pure qui avait été transmise de Chine. Le contexte immédiat du mouvement inclut les courants chinois de la Terre Pure — en particulier les œuvres attribuées à Tanluan (VIe–VIIe siècle), Daochuo (VIe–VIIe siècle) et Shandao (VIIe siècle) — ainsi que le ferment religieux plus large du bouddhisme japonais durant les périodes Heian (794–1185) et Kamakura précoce (1185–1333). La pensée de la Terre Pure chinoise est entrée au Japon à la fois sous forme de textes (sutras et commentaires) et de pratiques, notamment la récitation du nom du Bouddha Amida (nenbutsu, en japonais généralement rendu par Namu Amida Butsu). Les développements institutionnels japonais, y compris la domination de l'établissement Tendai sur le mont Hiei et l'émergence de nouveaux mouvements dévotionnels et itinérants, ont créé des conditions sociales et institutionnelles qui ont permis à une nouvelle école de se former.
Une figure centrale de cette formation est Hōnen (1133–1212), un moine formé dans la tradition Tendai sur le mont Hiei qui a commencé à plaider pour une pratique exclusive du nenbutsu. La tradition et la recherche moderne s'accordent à dire que la prédication publique de Hōnen, que les historiens datent généralement des années 1170–1180, mettait l'accent sur la récitation du nom d'Amida comme le principal chemin vers la renaissance dans la Terre Pure et rendait cette pratique accessible aux laïcs et aux clercs au-delà de l'établissement monastique. L'enseignement de Hōnen a marqué une rupture décisive avec certains cadres Tendai qui équilibrent plusieurs pratiques (méditation, rites ésotériques, étude scripturaire) en soutenant que, à l'époque où il prêchait, la confiance dans le vœu compatissant d'Amida était le moyen le plus efficace de salut. Les adhérents de Jōdo Shinshū et des écoles de la Terre Pure apparentées décrivent Hōnen comme ayant ravivé et clarifié une forme exclusivement dévotionnelle de pratique de la Terre Pure pour un large public.
De l'entourage immédiat de Hōnen a émergé une variété de groupes de la Terre Pure. L'héritage institutionnel de Hōnen est souvent associé dans les documents ultérieurs à la fondation de Jōdo-shū (l'école de la Terre Pure associée à Hōnen lui-même), tandis qu'un de ses disciples les plus importants, Shinran (1173–1263), a articulé un chemin doctrinal distinct qui est devenu Jōdo Shinshū (« École de la Véritable Terre Pure »). Selon la tradition de Shinran, sa réalisation clé était que le salut dépend entièrement du vœu d'Amida plutôt que des efforts humains ; les adhérents résument souvent cela comme le passage de la puissance personnelle (jiriki) à la puissance d'autrui (tariki). Le dossier historique indique que Shinran a été ordonné et formé dans le système Tendai sur le mont Hiei — il y est entré à un jeune âge — puis a quitté pour étudier avec Hōnen. La vie de Shinran a inclus les événements de la réaction politique-religieuse de 1207, une période durant laquelle les autorités ont sanctionné ou réprimé plusieurs des disciples de Hōnen ; Shinran faisait partie des personnes touchées et a passé plusieurs années en exil dans la province d'Echigo (actuelle préfecture de Niigata). Après son retour, il a établi une carrière religieuse qui mêlait écriture doctrinale, vie de famille (sa femme, traditionnellement nommée Eshinni, apparaît dans des documents familiaux et est associée à des lettres indiquant la gestion du foyer) et ministère auprès des laïcs dans des régions incluant la zone de Kinki autour de Kyoto et les provinces du nord.
Le mouvement qui est devenu Jōdo Shinshū s'est ainsi formé dans les trois décennies suivant la mort de Hōnen en 1212, alors que Shinran et ses plus proches disciples articulaient un accent théologique sur la puissance d'autrui et sur la confiance (shinjin). L'œuvre systématique majeure de Shinran, le Kyōgyōshinshō — souvent traduit en anglais par « L'Enseignement, la Pratique et la Réalisation Véritables de la Voie de la Terre Pure » — assemble des matériaux scripturaires (kyō), de pratique (gyō) et de réalisation (shin) en une exposition soutenue de la confiance en Amida ; les chercheurs datent généralement sa composition du début au milieu du XIIIe siècle. Un autre texte clé pour les générations ultérieures est le Tannishō, une compilation de dictons, de dialogues et de souvenirs attribués au disciple de Shinran, Yuien (Yui-en), et assemblée quelques décennies après la mort de Shinran ; ce travail a circulé largement parmi les laïcs et a fonctionné comme une introduction pratique aux emphases de Shinran.
L'histoire institutionnelle précoce de la tradition est concrète et régionale. La famille et les disciples de Shinran ont progressivement formé un centre dans la région de la capitale qui est ensuite devenu associé au precinct de Hongan-ji à Kyoto (dans la province historique de Yamashiro). Une consolidation administrative a eu lieu à la fin du XIIIe et au début du XIVe siècle : Kakunyo (1270–1351), un premier chef de la lignée (monshu), a compilé des matériaux biographiques, organisé des revendications de temples et promu le corpus textuel et les archives de la lignée. De tels actes — compiler des généalogies, acquérir des terres et établir des rites commémoratifs — ont aidé à transformer un mouvement laïc diffus en une présence institutionnelle organisée. À la fin du XIIIe siècle, des références à des communautés distinctes basées sur Shinran apparaissent dans des documents de temple, des journaux de pèlerinage et des documents légaux ; la présence institutionnelle dans et autour de Kyoto est devenue un point focal pour les pèlerins, les affiliés laïcs et la négociation de patronage de la part des élites provinciales.
Les chercheurs et les adhérents offrent des récits parallèles mais parfois divergents de ces origines. La propre auto-narration de Jōdo Shinshū met l'accent sur la révélation — l'intuition de Shinran sur la compassion universelle d'Amida — et la centralité de la confiance comme le cœur expérientiel de la pratique. Les adhérents soutiennent que le nenbutsu, lorsqu'il est prononcé avec une véritable confiance, exprime la dépendance au vœu primordial d'Amida (en particulier, le dix-huitième vœu dans le Grand Sutra de la Vie Incommensurable, un texte source pour la dévotion à la Terre Pure), et que ce vœu est la base de la renaissance assurée. La recherche historique-critique situe Shinran et son cercle dans un ensemble plus large de transformations sociales — l'essor des élites guerrières (les samouraïs), le déclin du patronage aristocratique de la cour, les changements démographiques, l'expansion des villes marchandes et la diffusion de l'alphabétisation parmi les populations laïques — et interprète les changements doctrinaux comme des réponses à ces transformations sociales et économiques. Par exemple, les historiens soulignent le rôle de l'exil et du déplacement provincial (comme dans le séjour de Shinran à Echigo), des réseaux de pèlerinage reliant Kyoto à des régions telles qu'Echigo, Kaga et les provinces du Kanto, et la politique locale des temples dans la consolidation institutionnelle des communautés Shin.
La période formative est également marquée par des épisodes de conflit et d'accommodement. La répression ou la sanction des disciples de Hōnen par les autorités en 1207 — documentée dans une variété de registres de temples, de journaux de cour et de récits hagiographiques ultérieurs — a produit à la fois une dispersion et l'opportunité pour des congrégations locales autonomes de se former. Ces confrontations illustrent la frontière dynamique entre les nouveaux mouvements dévotionnels et les institutions monastiques établies dans le Japon médiéval : les tensions sur la doctrine et la pratique se chevauchaient avec des questions de privilège clérical, de mariage monastique et de propriété foncière. Au cours des décennies suivantes, certains anciens adhérents se sont réconciliés avec les institutions établies tandis que d'autres ont maintenu ou renforcé des formes d'organisation orientées vers les laïcs.
Une autre caractéristique concrète de la période précoce est la production et la circulation de textes. En plus du Kyōgyōshinshō et du Tannishō, de nombreux sermons, lettres et manuels rituels associés au cercle immédiat de Shinran ont été copiés et transmis par des dévots laïcs et des gardiens de temple. Ces matériaux ont façonné la vie dévotionnelle — des formes de récitation communautaire du nenbutsu, des services commémoratifs pour les morts et des rites domestiques — et ont contribué à un ensemble reconnaissable de pratiques qui distinguaient les communautés Shin des anciennes formes monastiques et d'autres écoles de la Terre Pure. Démographiquement, bien que des chiffres de recensement précis ne soient pas disponibles pour la période médiévale, des preuves documentaires indiquent que les adhérents provenaient d'un large éventail social — paysans et citadins, guerriers provinciaux et petites élites, ainsi que des clercs ordonnés — aidant à expliquer la diffusion géographique du mouvement vers des provinces au-delà de la région de la capitale.
Les développements institutionnels au XIVe siècle et au-delà ont encore façonné l'identité de l'école. La consolidation du complexe Hongan-ji à Kyoto et l'établissement d'un bureau de monshu héréditaire ont organisé l'enseignement doctrinal, la gestion des biens et la résolution des conflits ; ces bureaux ont servi d'intermédiaires entre les congrégations locales et la communauté centrale, façonnant la liturgie et la transmission de textes autorisés. Ces processus montrent comment un mouvement qui a commencé comme un enseignement itinérant et orienté vers les laïcs est devenu une présence institutionnelle majeure à la fin de la période médiévale — une évolution qui a à la fois préservé les emphases théologiques de Shinran et les a adaptées aux réalités administratives de la religion japonaise médiévale.
En résumé, les origines de Jōdo Shinshū sont ancrées dans la réception et la réinterprétation de la pensée de la Terre Pure chinoise, l'enseignement charismatique de Hōnen à la fin du XIIe siècle, et la consolidation doctrinale et organisationnelle effectuée par Shinran et ses successeurs aux XIIIe et XIVe siècles. La combinaison d'innovations doctrinales (mettant l'accent sur la puissance d'autrui et la confiance), de production textuelle (notamment le Kyōgyōshinshō et le Tannishō), et de création d'institutions durables (la formation précoce de Hongan-ji et le bureau de monshu) a préparé le terrain pour le développement historique ultérieur de la tradition et sa diffusion à travers le Japon dans les siècles suivants.