Les chercheurs situent les origines de ce qui est maintenant appelé le Shinto dans la longue formation sociale et rituelle de l'archipel japonais durant les périodes Jōmon et Yayoi tardives, ainsi que dans la consolidation politique du premier État au cours du 1er millénaire de notre ère. Les preuves archéologiques — tumulus, figurines en argile et premiers sites rituels dans des régions telles que le cœur de Kofun de la plaine de Yamato — montrent des formes de vénération des ancêtres, des cultes de sites naturels et des opérations de spécialistes rituels bien avant l'apparition des chroniques écrites. Cependant, les textes historiquement attestés qui sont devenus par la suite autoritaires pour l'identité shintoïste n'apparaissent qu'au début du VIIIe siècle : le Kojiki (712 de notre ère) et le Nihon Shoki (720 de notre ère). Ces textes ont été produits dans le contexte de la cour de la formation de l'État de la période Nara et articulent des généalogies de dieux (kami) et d'empereurs, un mouvement littéraire ayant à la fois une portée religieuse et politique.
La compréhension de soi de la tradition situe souvent les événements fondateurs dans un passé mythique. Selon les récits préservés dans le Kojiki et le Nihon Shoki, des kami tels qu'Amaterasu Ōmikami (la déesse du soleil) et la descente de l'ancêtre impérial président aux origines de l'archipel et de la lignée impériale. Les adhérents et les lignées de sanctuaires considèrent ces mythes comme constitutifs de l'identité rituelle ; les historiens et les chercheurs littéraires les traitent comme des textes composés dans un contexte historique particulier (début du VIIIe siècle) qui a façonné les notions émergentes de légitimité sacrée. Cette différence entre la revendication mythique et la datation historique critique est emblématique d'une tension récurrente dans les études shintoïstes : la profondeur temporelle que les croyants affirment pour la tradition par rapport au dossier documentaire et archéologique utilisé par les historiens.
À partir du VIIIe siècle, les institutions de l'État ont commencé à réglementer les rituels, les offrandes et les rangs des sanctuaires. L'Engishiki, un ensemble de règlements du Xe siècle achevé en 927 de notre ère, répertorie les sanctuaires et leurs rituels requis, offrant aux chercheurs modernes un aperçu administratif concret de l'organisation des sanctuaires durant la période Heian. L'Engishiki montre qu'au Xe siècle, un écosystème complexe de sanctuaires locaux, de divinités régionales et de rituels de cour existait déjà. Des lieux concrets nommés dans ce dossier administratif — par exemple, le Grand Sanctuaire d'Ise (Ise Jingū) dédié à Amaterasu, et Izumo Taisha dans l'actuelle préfecture de Shimane — ont acquis un prestige particulier et développé des calendriers rituels.
Cependant, les premiers siècles après le Nihon Shoki ne furent pas une consolidation simple d'un Shinto homogène. Des cultes locaux et des rites basés sur des clans ont persisté ; la pratique religieuse était souvent syncrétique et variait selon les régions. À partir du VIe siècle, l'arrivée et la propagation du bouddhisme — enregistrées dans les histoires de cour avec des dates contestées (souvent citées comme étant du milieu du VIe siècle, souvent 538 ou 552 de notre ère) — ont introduit de nouvelles institutions, littératures et technologies rituelles. Le bouddhisme et les cultes de kami indigènes coexistaient fréquemment dans une dynamique appelée shinbutsu shūgō (fusion des kami et des bouddhas). Les temples et les sanctuaires étaient parfois co-localisés ; les kami étaient réinterprétés comme des manifestations locales de figures bouddhistes. Ce syncrétisme a façonné la vie rituelle japonaise pendant plus d'un millénaire.
Les périodes médiévale et moderne ont été témoins de développements supplémentaires plutôt que d'un moment fondateur unique. Les époques Muromachi (XIVe–XVIe siècles) et Edo (1603–1868) ont vu émerger des articulations théologiques distinctes. Pendant la période Muromachi, des familles cléricales telles que la lignée Yoshida ont développé des liturgies systématisées et des rôles sacerdotaux (Yoshida Shintō), tandis que des érudits du kokugaku (études nationales) durant la période Edo — notamment des figures comme Kamo no Mabuchi et Motoori Norinaga — ont produit des lectures philologiques du Kojiki qui ont réaffirmé les textes et récits indigènes. Ces interventions du kokugaku au XVIIIe siècle ont fourni des ressources intellectuelles mobilisées par la suite à l'ère moderne pour réaffirmer l'importance des traditions religieuses japonaises autochtones face aux idéologies importées.
La formation politique moderne du Japon lors de la Restauration Meiji (1868) a constitué un tournant décisif dans la relation entre l'État et le Shinto. La politique Meiji a institué des politiques qui ont élevé certains sanctuaires et rituels en tant qu'instruments d'identité nationale, un processus administratif que les chercheurs ont qualifié de "Shinto d'État". Cette reconfiguration institutionnelle a inclus la séparation de l'administration des sanctuaires des institutions bouddhistes dans la loi, l'établissement de hiérarchies de sanctuaires, et des cérémonies officielles qui ont lié l'autorité impériale aux formes rituelles. Les adhérents ont vécu ces développements de manières variées : pour certains, ils représentaient un renouveau et une standardisation de la pratique des sanctuaires, tandis que pour d'autres, ils constituaient une imposition d'un contrôle centralisé sur les rites locaux.
La fin de la Seconde Guerre mondiale et l'occupation alliée ont apporté un autre tournant : un ensemble de directives d'après-guerre et de dispositions constitutionnelles ont dissocié l'autorité de l'État des institutions shintoïstes, interdit la promotion gouvernementale du Shinto en tant qu'instrument de politique, et contraint la réorganisation des réseaux de sanctuaires. La Directive Shinto de l'Occupation (décembre 1945) et les garanties de liberté religieuse de la constitution japonaise de 1947 sont des moments juridiques concrets que chercheurs et praticiens citent comme encadrant le paysage contemporain.
Comprendre les origines du Shinto nécessite donc de distinguer au moins trois registres : les récits mythico-historiques préservés par les adhérents (Kojiki, Nihon Shoki), les traces archéologiques et documentaires que les historiens utilisent pour reconstruire la pratique rituelle avant et pendant la formation précoce de l'État, et les reconfigurations institutionnelles de l'État moderne. Chaque registre fournit des types de preuves distincts. Une tension comparative persiste entre les revendications d'une tradition ancienne ininterrompue d'une part et les preuves documentaires des formations successives, des emprunts et des réformes dirigées par l'État d'autre part.
Le résultat est une tradition dont le "fondement" n'est pas un point unique mais un long processus. Les sanctuaires, les mythes et les spécialistes rituels ne sont pas apparus tous en même temps ; ils se sont accumulés au fil des siècles, absorbant des technologies religieuses externes (notamment le bouddhisme et plus tard les idées administratives confucéennes) tout en maintenant des schémas de culte local des kami. Des lieux clés tels que Ise Jingū et des jalons documentaires majeurs comme le Kojiki (712) restent pour les adhérents des points d'ancrage visibles, même si les historiens continuent de débattre des détails de la formation précoce.
Enfin, la catégorie "Shinto" elle-même est moderne, construite en partie à travers les catégories comparatives des études religieuses modernes et de la politique d'État au XIXe siècle. Alors que les prêtres de sanctuaire et les chefs rituels de village parlaient traditionnellement de kami et de rites particuliers, le terme générique "Shinto" en tant que religion cohérente a émergé plus clairement dans le cadre de la rencontre du Japon avec des idées occidentales et de ses propres projets de modernisation à la fin du XIXe siècle. Cette construction a façonné à la fois la compréhension interne des praticiens et les classifications savantes externes, une dynamique qui continue d'animer les débats sur les origines tant dans le milieu académique que dans les communautés de sanctuaires.