L'histoire des origines du Zen est racontée sur deux voies parallèles : le récit propre à la tradition, qui situe le Zen comme une lignée vivante de transmission directe du Bouddha historique à des maîtres successifs, et le récit historique-critique, qui place le Chan (l'ancêtre chinois du Zen japonais) dans une matrice complexe de développements sociaux, doctrinaux et institutionnels dans la Chine médiévale.
Selon la tradition, le moment décisif se produit dans le silence du Bouddha devant ses auditeurs au Pic des Vautours, lorsque le Bouddha historique aurait levé une fleur et qu'un autre — traditionnellement Mahākāśyapa — aurait souri. Cet épisode est invoqué dans le Sutra de la Plateforme et dans des écrits ultérieurs du Chan pour articuler la revendication qu'il existe "une transmission spéciale en dehors des écritures, non fondée sur des mots et des lettres, pointant directement vers l'esprit, voyant dans sa propre nature et atteignant l'illumination." Les adhérents soutiennent que cette lignée de transmission d'esprit à esprit a continué sans interruption depuis le Bouddha à travers des enseignants indiens et chinois successifs. Le Sutra de la Plateforme, associé dans la tradition au Sixième Patriarche Huineng (638–713), demeure un texte de référence pour la compréhension de soi au sein de la tradition ; il présente l'histoire de la vie de Huineng, des exposés doctrinaux sur l'éveil soudain, et des contrastes polémiques avec une approche "gradualiste" attribuée à d'autres contemporains. Ces éléments constituent le récit d'origine canonique de la tradition : une insight transmise de personne à personne, avant ou au-delà de l'explication textuelle.
La recherche historique reconstruit une émergence plus graduelle du Chan. Les chercheurs situent la formation d'un milieu Chan discernable en Chine durant les Dynasties du Nord et du Sud (420–589 de notre ère) et indiquent que le Chan s'est cristallisé en tant que mouvement distinct aux VIe et VIIIe siècles de notre ère. Plusieurs facteurs convergents aident à expliquer ce processus. Premièrement, la traduction et la circulation des sutras du Mahāyāna — par exemple, le vaste corpus de la Prajñāpāramitā, certains textes de Tathāgatagarbha ou de "nature de Bouddha", et l'Éveil de la Foi dans le Mahāyāna (Dasheng qixin lun), qu'ils soient traduits ou composés en Asie centrale et en Chine — ont fourni des matériaux doctrinaux que les enseignants du Chan ont utilisés et réinterprétés. Deuxièmement, la croissance institutionnelle des monastères à partir du IVe siècle a créé des cadres où la pratique de la méditation (dhyāna ; chinois : chan 禪) pouvait être systématisée. Troisièmement, les échanges avec les pratiques et idiomes taoïstes ont fourni un vocabulaire et des métaphores — tels que la spontanéité et la non-action — que les auteurs du Chan ont parfois cooptés. Quatrièmement, des techniques méditatives descendant de lignées indiennes (y compris des pratiques cadrées comme le śamatha et le vipaśyanā, ou méditation de calme et de vision pénétrante) ont été adaptées aux besoins locaux et combinées avec de nouvelles formes pédagogiques.
Au VIe siècle — souvent cité comme l'ère formative — des figures plus tard décrites dans la hagiographie du Chan apparaissent dans le sud et le nord de la Chine. Bodhidharma occupe une place centrale dans les deux récits. Dans la hagiographie du Chan, il est présenté comme le premier patriarche qui a transmis le dharma d'esprit à esprit au moine chinois Huike, puis à des enseignants ultérieurs ; la tradition le place souvent à la fin du Ve siècle ou au début du VIe siècle et identifie son origine de manière variée comme étant les "régions occidentales" (Asie centrale) ou le sud de l'Inde. Les chercheurs modernes notent que la biographie de Bodhidharma est un patchwork : les premières références sont relativement tardives, parfois contradictoires, et la figure fonctionne comme un lieu d'identité pour le Chan plutôt que comme un fondateur historique simple. Néanmoins, des écrits qui lui sont attribués — notamment le court Traité sur les Deux Entrées et Quatre Pratiques (attribué en chinois comme 二入四行) — ainsi que des légendes ultérieures sur la méditation austère dans des lieux tels que Shaolin, ont contribué à un mythe d'origine qui a façonné la compréhension de soi du Chan.
Une lignée de patriarches nommés apparaît dans des listes traditionnelles qui relient Bodhidharma à Huineng. La tradition attribue à des figures successives — Huike (daté traditionnellement vers le Ve–VIe siècle), Sengcan, Daoxin (580–651), Hongren (601–674), et Huineng (638–713) — la transmission de l'enseignement. Ces dates et généalogies sont contestées par les historiens, qui les considèrent comme des déclarations sur l'identité et l'autorité plutôt que comme des faits chronologiques incontestables. Des figures intermédiaires importantes dans le dossier historique incluent Daoxin et Hongren, tandis que des maîtres ultérieurs de la dynastie Tang tels que Mazu Daoyi (709–788), Huangbo Xiyun (d. 850), et Linji Yixuan (d. 866) sont documentés dans des sources qui préservent leurs paroles et leurs réputations. L'école de Mazu et les méthodes de Linji, en particulier, ont influencé le ton et la pédagogie de la pratique ultérieure du Chan.
À la fin des VIIe et VIIIe siècles, le mouvement appelé Chan était institutionnalisé à travers le bassin du fleuve Yangtsé et dans le nord de la Chine. Les monastères dans des régions telles que Jiangnan (le bas Yangtsé) et autour de grands centres comme Chang’an et Luoyang sont devenus des hubs importants. La dynastie Tang (618–907) est souvent créditée d'avoir créé un environnement dans lequel les communautés monastiques pouvaient prospérer : le patronage impérial, les arrangements fonciers et fiscaux, et l'intérêt de la cour pour le bouddhisme ont permis à de grands complexes temple de persister, tandis que la gentry locale et les mécènes marchands soutenaient de nombreux petits monastères. Les monastères Chan contenaient généralement des salles de méditation (chanfang), des salles d'assemblée et des quartiers d'accueil pour les visiteurs laïcs ; leur population résidente variait, allant de petites sanghas de quelques dizaines de moines à de plus grandes institutions comptant des scores ou plus.
Le récit de l'École du Sud qui met l'accent sur l'éveil soudain se concentre sur Huineng. Le débat entre ce que des sources polémiques ultérieures ont appelé les approches "du Nord" (gradualistes) et "du Sud" (soudaines) est enregistré dans les polémiques de la dynastie Tang et dans le récit du Sutra de la Plateforme sur un concours entre Huineng et Shenxiu. Les historiens modernes tendent à considérer ces étiquettes et la netteté de leur opposition comme quelque peu construites par une rhétorique sectaire ultérieure, notant que la diversité pédagogique et les pratiques chevauchantes étaient courantes. Néanmoins, au IXe siècle, des compilations textuelles — telles que des paroles enregistrées (yulu), des dossiers de transmission, et des collections biographiques — circulent, et des lignées identifiables commencent à se former. Un jalon documentaire crucial est le Jingde Chuandeng Lu (Transmission de la Lampe, compilé en 1004), une anthologie de la dynastie Song qui a codifié de nombreuses revendications de lignée et hagiographies. Au cours des périodes des Song du Nord et du Sud, les soi-disant "Cinq Maisons du Chan" (Linji, Caodong/Caoxiong, Yunmen, Fayan, Guiyang) sont devenues des catégories d'affiliation institutionnelle et doctrinale ; l'histoire ultérieure montre que Linji et Caodong sont des écoles particulièrement durables.
Pédagogiquement, le Chan a développé des méthodes caractéristiques. Les paroles enregistrées et les dialogues d'interaction préservent un répertoire de réponses abruptes, de cris (katsu), de gestes physiques, et d'échanges paradoxaux qui étaient utilisés comme dispositifs d'enseignement. Au fil du temps, certains de ces échanges ont été compilés en collections de cas (gong’an ; japonais : koan) qui sont devenues centrales à la formation dans certaines lignées. D'autres pratiques comprenaient la méditation sur la respiration focalisée (anapanasati), le "regard sur le mur" ou des styles de méditation assise associés dans la légende à Shaolin, et des méditations sur des phrases ou des "expressions critiques" (huatou) qui fonctionnaient comme un objet d'enquête concentrée. Les termes japonais zazen (méditation assise) et dokusan (entretien privé) reflètent des institutionnalisations ultérieures de ces pratiques ; leurs racines se trouvent dans la procédure monastique médiévale chinoise et l'interaction maître-disciple. Les adhérents soulignent que ces méthodes visent à produire une insight immédiate dans son propre esprit.
La diffusion précoce du Chan s'est produite dans le contexte de l'échange culturel est-asiatique. Des périodes Tang et Song, le Chan a influencé les traditions bouddhistes de Corée (où il est devenu connu sous le nom de Seon) et du Vietnam (Thiền) ; ces traditions ont développé des formes institutionnelles distinctes et des canons textuels adaptés aux langues locales et aux circonstances politiques. Au Japon, le Chan a été transmis de manière plus visible à la fin du XIIe et au début du XIIIe siècle : le moine Eisai (daté traditionnellement de 1141–1215) est crédité d'avoir importé la lignée Linji (Rinzai) et sa formation basée sur les koans à la fin de la période Heian et au début de la période Kamakura, tandis que Dōgen (1200–1253) a fondé une école Sōtō mettant l'accent sur le shikantaza ("juste s'asseoir") après avoir étudié en Chine Song. Ces transmissions n'étaient pas de simples répliques ; chaque pays a intégré les formes du Chan dans ses propres codes monastiques, réseaux de temples, et relations avec les élites dirigeantes et les lettrés.
Deux marqueurs historiques concrets aident à ancrer le récit. Le VIe siècle — traditionnellement cité pour l'arrivée de Bodhidharma — est l'ère durant laquelle l'identité du Chan commence à se cohérer dans le sud de la Chine ; et la compilation et la circulation de textes tels que le Sutra de la Plateforme et des dossiers de transmission ultérieurs (par exemple, le Jingde Chuandeng Lu, 1004) sont des jalons documentaires, car ils articulent des revendications de lignée et des emphases doctrinales qui ont façonné la vie institutionnelle ultérieure. De même, les collections de koans compilées telles que le Blue Cliff Record (compilé au début du XIIe siècle) et le Gateless Gate (compilé au début du XIIIe siècle au Japon à partir de matériaux chinois) indiquent comment la pédagogie basée sur des cas a été systématisée au fil du temps.
La tension entre l'oral et le textuel, l'immédiat et le canonique, est présente depuis les débuts du Chan. La tradition enseigne que l'éveil authentique est antérieur à la conceptualisation et qu'une "transmission spéciale en dehors des écritures" exprime cette réalité ; en même temps, les communautés Chan ont curé des biographies, des gathas, des paroles enregistrées, et des listes de transmission formelles qui ont fixé l'autorité et guidé la pratique. Ce paradoxe — une rhétorique anti-textuelle qui produit néanmoins un riche héritage textuel et institutionnel — demeure une caractéristique centrale de la formation historique du Zen et continue de façonner la manière dont les communautés ultérieures en Chine, en Corée, au Vietnam et au Japon ont représenté, enseigné et pratiqué la voie Chan/Zen.