L'origine dell'anabattismo è convenzionalmente datata all'anno 1525 nella città svizzera di Zurigo, un momento ora inquadrato sia nelle storie accademiche che nei racconti tradizionali come il punto in cui un movimento distinto di credenti ripudiò il battesimo infantile e abbracciò il battesimo degli adulti, confessante. Il 21 gennaio 1525, un piccolo gruppo di laici e ex studenti — spesso nominati nelle storie come Conrad Grebel, Felix Manz e George Blaurock — eseguì un'imposizione delle mani e battesimi in una casa privata lungo il fiume Limmat. I cronisti contemporanei, i successivi apologeti anabattisti e gli storici moderni trattano questo evento di gennaio come formativo: i sostenitori lo comprendono come un rinnovamento della pratica apostolica, mentre gli storici lo collocano all'interno di dibattiti più ampi della Riforma svizzera sotto Huldrych Zwingli.
Questo episodio di Zurigo non si verificò in isolamento. L'inizio del XVI secolo in Europa centrale fu un periodo di intenso studio scritturale, circolazione di stampa e fluidità politica. Le riforme a Wittenberg, Zurigo e altrove produssero risposte divergenti a domande riguardanti il sacramento, l'autorità ecclesiale e la relazione tra chiesa e stato. Il gruppo che cominciò a essere chiamato 'anabattisti' (un termine dispregiativo che significa "ribattizzatori") rifiutò l'idea che il battesimo dovesse essere amministrato ai neonati che non avevano ancora fatto una confessione personale di fede. Il nome stesso proveniva dagli avversari; i sostenitori preferivano generalmente termini come 'fratelli', 'santi' o 'credenti'.
Un secondo punto di riferimento precoce fu la Confessione di Schleitheim del 1527, un breve insieme di articoli redatti principalmente da Michael Sattler e concordati dai leader anabattisti svizzeri a Schleitheim (nell'attuale Svizzera) il 24 febbraio 1527. Il documento articolava una serie di principi che molti gruppi anabattisti successivi continuarono a enfatizzare: battesimo dei credenti, separazione dal mondo, rifiuto del giuramento e non resistenza. Il testo di Schleitheim fornisce agli storici un'articolazione concreta e databile della ecclesiologia e dell'etica distintive del movimento, anche se riflette tensioni interne riguardo alla disciplina e all'impegno sociale.
Da questi primi centri di Zurigo, Basilea e dell'altopiano svizzero, reti di predicatori itineranti e tipografie diffusero le idee anabattiste nel sud e nell'ovest della Germania, nel Tirolo, in Moravia e in parti dei Paesi Bassi. In luoghi come Nikolsburg (in Moravia) e nelle valli tirolesi, il movimento trovò sostenitori che combinavano il battesimo degli adulti con nuove forme di vita comunitaria. Jacob Hutter, un importante organizzatore attivo negli anni '20 e '30 del '500, divenne associato a un filone comunalista che in seguito prese il suo nome: gli Hutteriti. Il movimento di Hutter si diffuse lungo i confini orientali del Sacro Romano Impero e nei rifugi moravi dove la vita comunitaria poteva essere sostenuta.
La persecuzione fu una pressione formativa decisiva. Le autorità civiche e i magistrati in molte città giudicarono il rifiuto anabattista del battesimo infantile e dei giuramenti civici come una minaccia all'ordine pubblico. I tribunali di Zurigo, Strasburgo e altre città condannarono gli anabattisti; Felix Manz fu annegato nel Limmat nel gennaio 1527 per ordine del consiglio di Zurigo, un evento spesso ricordato sia nei racconti accademici che in quelli devozionali come emblematico del primo martirio. Durante il XVI secolo, esecuzioni, incarcerazioni ed espulsioni costrinsero le comunità a migrare, adattarsi o andare sottoterra. Gli storici sottolineano che la persecuzione plasmò la disciplina interna e la predilezione per separare la chiesa dalle strutture statali.
Non tutti gli anabattisti precoci concordarono su ogni questione, e un filo cruciale della storia iniziale del movimento è il conflitto interno. Balthasar Hubmaier, attivo a Waldshut e poi a Vienna, sviluppò una difesa teologica distintiva del battesimo dei credenti che sottolineava l'argomentazione ragionata e una certa accomodamento alla vita civica, differente nel tono e nella politica dal consenso di Schleitheim. Pilgram Marpeck, un altro personaggio attivo nel sud della Germania, tentò di mediare tra i separatisti più radicali e coloro disposti a interagire con le riforme protestanti più ampie. Questi dibattiti contribuirono a una somiglianza familiare emergente piuttosto che a un credo monolitico.
Entro la metà del XVI secolo, uomini come Menno Simons — un ex sacerdote cattolico della Frisia che divenne un leader e organizzatore a partire dagli anni '30 — fornirono consolidamento a molti che desideravano distaccarsi da episodi violenti come la ribellione di Münster del 1534–1535. Gli scritti pastorali di Menno e il suo ministero itinerante aiutarono a articolare una forma pacifista e pastorale di anabattismo; i sostenitori che seguono la sua influenza vennero in seguito chiamati mennoniti. L'episodio di Münster, in cui radicali comunalisti e insorti apocalittici presero brevemente la città e dichiararono un governo teocratico, fornì agli avversari un'illustrazione conveniente del radicalismo pericoloso e spinse molti anabattisti a definirsi contro metodi violenti.
Migrazione e diaspora divennero parte della narrazione fondativa. Entro la fine del XVI e XVII secolo, gli anabattisti si erano dispersi nei Paesi Bassi, in parti della Germania, in Moravia e successivamente in Prussia orientale, nel delta della Vistola e infine oltre l'Atlantico. Nei secoli XVII e XVIII, gruppi di anabattisti svizzeri e olandesi si trasferirono in Pennsylvania seguendo la politica di tolleranza religiosa di William Penn; Germantown (vicino a Filadelfia) vide famiglie anabattiste stabilirsi già nel 1683. Questi fili migratori mostrano l'interazione tra persecuzione, opportunità e la ricerca di luoghi in cui le pratiche comunitarie potessero essere sostenute.
Gli studiosi di oggi trattano la formazione dell'anabattismo sia come un insieme immediato di risposte ai dibattiti della Riforma sia come un'espressione di modelli precedenti di pietà laica, disciplina comunitaria e literalismo scritturale. Dove i racconti tradizionali anabattisti spesso presentano il movimento come un ripristino della pratica del Nuovo Testamento, gli storici enfatizzano frequentemente fattori sociali, politici e intellettuali contingenti che hanno plasmato la sua emergenza. L'era fondativa, quindi, è meglio compresa come un'origine polifonica: un insieme di iniziative sovrapposte che hanno prodotto enfasi durevoli — battesimo degli adulti, una chiesa riunita e un'etica di separazione — che continuano a identificare le comunità anabattiste fino ai giorni nostri.
I battesimi di Zurigo del 1525, la Confessione di Schleitheim del 1527 e i martiri e le migrazioni degli anni 1520–1600 sono indicatori concreti e verificabili che ancorano questa narrazione. Sono anche luoghi di memoria continua tra i sostenitori: molte congregazioni mennonite e hutterite raccontano questi eventi nella liturgia e nelle commemorazioni locali. Questo duplice aspetto — fatto storico ricostruito dalla ricerca e memoria formativa detenuta dai credenti — è centrale in qualsiasi racconto della fondazione dell'anabattismo. Sottolinea sia le radici del movimento in specifici luoghi del XVII e XVI secolo sia la sua autocomprensione come un rinnovamento vivente della pratica ecclesiale.