La tradizione battista emerge all'inizio del XVII secolo dal fermento del dissenso protestante inglese. Il periodo compreso tra circa il 1600 e il 1650 in Inghilterra e nei Paesi Bassi è spesso definito l'epoca dei Separatisti e dei movimenti di Riforma radicale: gruppi e individui che rifiutavano il compromesso dell'insediamento elisabettiano con la struttura ecclesiastica episcopale e cercavano una chiesa più puramente allineata alla loro interpretazione del Nuovo Testamento. Due impulsi interconnessi hanno plasmato ciò che sarebbe diventata l'identità battista in questa era formativa: la convinzione che il battesimo dovesse essere riservato ai credenti professanti e la convinzione che le congregazioni locali dovessero godere di autonomia rispetto alle strutture ecclesiali gerarchiche. Questi impulsi hanno assunto forme istituzionali concrete, contestate e talvolta sperimentali in luoghi diversi.
Un chiaro punto di origine documentato per molti storici è la congregazione di Amsterdam del 1609, dove un pastore separatista inglese e i suoi seguaci adottarono il battesimo dei credenti per immersione. John Smyth (nato circa nel 1570) è una figura chiave associata a quella congregazione; lui e altri eseguirono i primi battesimi per adulti in stile battista registrati ad Amsterdam nel 1609. Questo evento—il battesimo di coloro che professavano fede piuttosto che di neonati—serve come un momento identificabile in cui le pratiche e la teologia che caratterizzano molti battisti successivi furono per la prima volta attuate in un contesto ecclesiale visibile.
Non molto dopo l'episodio di Amsterdam si colloca il lavoro di Thomas Helwys (circa 1575–circa 1616). Dopo un periodo di esilio nei Paesi Bassi, Helwys tornò in Inghilterra e riportò il principio dell'indipendenza delle chiese congregazionali in un ambiente in cui la conformità alla chiesa di stato era imposta dalla legge. Helwys è anche associato a una delle prime articolazioni inglesi della libertà religiosa; inviò una dichiarazione sulla libertà di coscienza al re Giacomo I—una delle prime difese estese in lingua inglese dell'idea che le autorità civili non dovrebbero costringere alla fede religiosa. Gli scontri di Helwys con lo stato inglese terminarono in prigione; si riporta comunemente che morì in o poco dopo la detenzione, e i suoi scritti rimangono un punto di riferimento nelle storie delle relazioni tra chiesa e stato.
Dall'altra parte dell'Atlantico, l'impulso battista assunse una forma distintamente americana durante l'era coloniale. Roger Williams (1603–1683), un ministro puritano espulso dalla Massachusetts Bay Colony, è una figura prominente nella storia battista nordamericana. Williams fondò il insediamento di Providence nel 1636 e vi stabilì una congregazione battista in una data comunemente indicata come 1638; combinò una vigorosa difesa della libertà dell'anima con l'istituzione di una politica che rifiutava di imporre una singola coscienza religiosa per legge. L'advocacy di Williams per la separazione tra chiesa e stato e per la libertà di coscienza lo rese influente oltre i circoli battisti strettamente intesi e posizionò la comunità di fede che contribuì a formare come un attore significativo nell'emergere del pluralismo religioso nella coloniale Nord America.
I primi battisti inglesi non costituiscono un gruppo monolitico unico. Gli storici distinguono almeno due correnti che si svilupparono nei secoli XVII e XVIII: i Battisti Generali, spesso associati a una comprensione arminiana dell'espiazione e a un'etica più inclusiva, e i Battisti Particolari, che generalmente adottarono una soteriologia calvinista e successivamente formularono la Confessione battista di Londra del 1689 come standard confessionale. Queste differenze teologiche erano reali e plasmarono schemi di organizzazione, culto e alleanze con altri gruppi protestanti. L'emergere di queste due famiglie all'interno del movimento iniziale dimostra una diversità teologica interna alle sue radici.
La consolidazione istituzionale seguì la pratica e la teologia. Entro la fine del XVII e l'inizio del XVIII secolo, le congregazioni battiste iniziarono a formare associazioni e confessioni per il consiglio reciproco, come la Confessione battista di Londra del 1689, che molti Battisti Particolari citavano come standard dottrinale. Nella coloniale Nord America, l'Associazione di Filadelfia—istituita nel 1707—illustra come le prime chiese battiste utilizzassero l'associazione volontaria per cooperare nel ministero e nelle missioni mantenendo al contempo l'indipendenza formale delle congregazioni.
Persecuzione e dissenso sono temi ricorrenti nella storia delle origini. Nella Inghilterra del XVII secolo, la legge privilegiava la Chiesa d'Inghilterra e puniva la non conformità; i battisti e altri dissenzienti affrontarono multe, incarcerazioni e marginalizzazione sociale. Questa pressione plasmò gran parte della loro prima teologia politica e spiega perché le questioni di libertà religiosa occupino un posto centrale nei racconti di figure come Helwys e Williams. La tensione tra coscienza e autorità statale non è quindi meramente teorica nelle origini battiste; si trattava di un conflitto esistenziale e vissuto.
Missione ed espansione sono un'altra dinamica strutturale dei secoli formativi. Sebbene i primi battisti fossero pochi in numero, gli impulsi missionari crebbero dalla fine del XVIII secolo in poi—spesso collegati ai risvegli evangelici che travolsero la Gran Bretagna e il Nord America. La formazione di società missionarie organizzate alla fine del 1700 segna una transizione da congregazioni locali, spesso clandestine, a istituzioni che cercavano di plasmare una presenza battista globale.
Gli storici comparativi collocano spesso i battisti all'interno della più ampia famiglia di dissenzienti protestanti—insieme a Congregazionalisti, Quaccheri e Presbiteriani—ma enfatizzano la combinazione distintiva di battesimo dei credenti e autonomia congregazionale. Questa combinazione produce sia un segno teologico (una dottrina della chiesa e dei sacramenti) sia una conseguenza ecclesiologica (autogoverno locale) che ha reso i battisti unici nella loro resistenza a strutture ecclesiastiche centralizzate, incoraggiando al contempo una proliferazione di congregazioni indipendenti.
Pertanto, la fase fondativa dell'identità battista si estende da Amsterdam a Londra fino al New England e a un periodo dominato da lotte legali, dibattiti teologici e dalla creazione di congregazioni che cercavano di incarnare, nella pratica, un'ecclesiologia del Nuovo Testamento rielaborata. Gli eventi del XVII secolo—i battesimi di Smyth ad Amsterdam del 1609, gli scritti e l'imprigionamento di Helwys, e gli esperimenti coloniali di Roger Williams—rimangono centrali, sia nella memoria denominazionale che nei resoconti accademici, per comprendere come il battesimo dei credenti e l'autonomia congregazionale siano diventati segni distintivi della tradizione battista vivente.