Jōdo Shinshū emerge alla fine del XII e all'inizio del XIII secolo in Giappone come un'interpretazione distinta della tradizione della Terra Pura che era stata trasmessa dalla Cina. Il contesto immediato del movimento include correnti cinesi della Terra Pura—soprattutto le opere attribuite a Tanluan (VI–VII secolo), Daochuo (VI–VII secolo) e Shandao (VII secolo)—e il fermento religioso più ampio del buddismo giapponese nei periodi Heian (794–1185) e Kamakura (1185–1333). Il pensiero della Terra Pura cinese entrò in Giappone sia come un insieme di testi (sutra e commentari) sia come pratica, in particolare la recitazione del nome di Amida Buddha (nenbutsu, in giapponese solitamente reso Namu Amida Butsu). Sviluppi istituzionali giapponesi, inclusa la dominanza dell'istituzione Tendai sul Monte Hiei e l'emergere di nuovi movimenti devozionali e itineranti, crearono condizioni sociali e istituzionali che permisero a una nuova scuola di coalescere.
Una figura centrale nella formazione è Hōnen (1133–1212), un monaco formato nella tradizione Tendai sul Monte Hiei che iniziò a sostenere la pratica esclusiva del nenbutsu. La tradizione e la moderna ricerca concordano sul fatto che la predicazione pubblica di Hōnen, che gli storici datano tipicamente agli anni 1170–1180, enfatizzò la recitazione del nome di Amida come il principale cammino per la rinascita nella Terra Pura e rese tale pratica accessibile ai laici e ai chierici al di là dell'istituzione monastica. L'insegnamento di Hōnen segnò una rottura decisiva con alcuni quadri Tendai che bilanciavano pratiche multiple (meditazione, riti esoterici, studio scritturale) sostenendo che, nell'epoca in cui predicava, fare affidamento sul voto compassionevole di Amida era il mezzo più efficace di salvezza. I seguaci di Jōdo Shinshū e delle scuole della Terra Pura correlate ritraggono Hōnen come colui che ha rivitalizzato e chiarito una forma esclusivamente devozionale della pratica della Terra Pura per un vasto pubblico.
Dal cerchio immediato di Hōnen crebbe una varietà di gruppi della Terra Pura. L'eredità istituzionale di Hōnen è spesso associata in documenti successivi alla fondazione di Jōdo-shū (la scuola della Terra Pura associata allo stesso Hōnen), mentre uno dei suoi discepoli più importanti, Shinran (1173–1263), articolò un percorso dottrinale distinto che divenne Jōdo Shinshū (“Scuola della Vera Terra Pura”). Secondo la tradizione di Shinran, la sua realizzazione fondamentale fu che la salvezza dipende interamente dal voto di Amida piuttosto che dallo sforzo umano; i seguaci riassumono frequentemente questo come il passaggio dal potere personale (jiriki) al potere altrui (tariki). Il record storico indica che Shinran fu ordinato e formato all'interno del sistema Tendai sul Monte Hiei—entrò in giovane età—e successivamente lasciò per studiare con Hōnen. La vita di Shinran includeva gli eventi della reazione politico-religiosa del 1207, un periodo in cui le autorità sanzionarono o soppressero diversi seguaci di Hōnen; Shinran fu tra quelli colpiti e trascorse diversi anni in esilio nella provincia di Echigo (l'attuale prefettura di Niigata). Dopo il suo ritorno, stabilì una carriera religiosa che mescolava scrittura dottrinale, vita familiare (sua moglie, tradizionalmente chiamata Eshinni, appare in documenti familiari ed è associata a lettere che indicano la gestione domestica) e ministero ai laici in regioni che includevano l'area di Kinki attorno a Kyoto e le province settentrionali.
Il movimento che divenne Jōdo Shinshū si delineò quindi nei tre decenni dopo la morte di Hōnen nel 1212, mentre Shinran e i suoi più stretti seguaci articolavano un'enfasi teologica sul potere altrui e sull'affidamento (shinjin). L'opera sistematica principale di Shinran, il Kyōgyōshinshō—spesso tradotto in inglese come “Il Vero Insegnamento, Pratica e Realizzazione della Via della Terra Pura”—riunisce materiali scritturali (kyō), pratici (gyō) e di realizzazione (shin) in un'esposizione sostenuta dell'affidamento ad Amida; gli studiosi datano comunemente la sua composizione all'inizio o alla metà del XIII secolo. Un altro testo chiave per le generazioni successive è il Tannishō, una raccolta di detti, dialoghi e reminiscenze attribuite al discepolo di Shinran Yuien (Yui-en) e assemblata alcune decadi dopo la morte di Shinran; quest'opera circolò ampiamente tra i seguaci laici e funse da introduzione pratica alle enfasi di Shinran.
La storia istituzionale iniziale della tradizione è concreta e regionale. La famiglia e i seguaci di Shinran formarono gradualmente un centro nella regione della capitale che in seguito divenne associato al complesso di Hongan-ji a Kyoto (nella provincia storica di Yamashiro). La consolidazione amministrativa avvenne alla fine del XIII e all'inizio del XIV secolo: Kakunyo (1270–1351), un primo capo della linea (monshu), compilò materiali biografici, organizzò rivendicazioni sui templi e promosse il corpus testuale e i registri archivistici della linea. Tali atti—compilare genealogie, acquisire possedimenti terrieri e stabilire riti memoriali—aiutarono a trasformare un movimento laico diffuso in una presenza istituzionale organizzata. Entro la fine del XIII secolo, riferimenti a comunità distintive basate su Shinran apparvero in registri templi, diari di pellegrinaggio e documenti legali; la presenza istituzionale in e attorno a Kyoto divenne un punto focale per pellegrini, affiliati laici e la negoziazione del patrocinio da parte delle élite provinciali.
Gli studiosi e i seguaci offrono racconti paralleli ma talvolta divergenti di queste origini. La propria narrazione di Jōdo Shinshū enfatizza la rivelazione—l'intuizione di Shinran sulla compassione universale di Amida—e la centralità dell'affidamento come cuore esperienziale della pratica. I seguaci sostengono che il nenbutsu, quando pronunciato con vero affidamento, esprime fiducia nel voto primordiale di Amida (in particolare, il diciottesimo voto nel Grande Sutra della Vita Incommensurabile, un testo fonte per la devozione alla Terra Pura), e che questo voto è la base della rinascita assicurata. La ricerca storico-critica colloca Shinran e il suo cerchio all'interno di un insieme più ampio di trasformazioni sociali—l'emergere delle élite guerriere (i samurai), il declino del patrocinio aristocratico della corte, cambiamenti demografici, l'espansione delle città di mercato e la diffusione dell'alfabetizzazione tra le popolazioni laiche—e legge i cambiamenti dottrinali come risposte a tali cambiamenti sociali ed economici. Ad esempio, gli storici sottolineano il ruolo dell'esilio e del trasferimento provinciale (come nel soggiorno di Shinran a Echigo), le reti di pellegrinaggio che collegavano Kyoto a regioni come Echigo, Kaga e le province del Kanto, e la politica dei templi locali nella consolidazione istituzionale delle comunità Shin.
Il periodo formativo è anche contrassegnato da episodi di conflitto e accomodamento. La soppressione o la sanzione dei seguaci di Hōnen da parte delle autorità nel 1207—documentata in una varietà di registri templi, diari di corte e successivi resoconti agiografici—produrre sia dispersione sia l'opportunità per congregazioni locali autonome di formarsi. Questi confronti illustrano il confine dinamico tra nuovi movimenti devozionali e istituzioni monastiche consolidate nel Giappone medievale: le tensioni su dottrina e pratica si sovrapponevano a questioni di privilegio clericale, matrimonio monastico e possesso di terre. Nei decenni successivi, alcuni ex seguaci si riconciliarono con istituzioni consolidate mentre altri mantennero o rafforzarono forme di organizzazione orientate ai laici.
Un'altra caratteristica concreta del periodo iniziale è la produzione e circolazione di testi. Oltre al Kyōgyōshinshō e al Tannishō, molti sermoni, lettere e manuali rituali associati al cerchio immediato di Shinran furono copiati e trasmessi da devoti laici e custodi dei templi. Questi materiali plasmarono la vita devozionale—forme di recitazione comunitaria del nenbutsu, servizi memoriali per i morti e riti domestici—e contribuirono a un insieme riconoscibile di pratiche che distinguevano le comunità Shin sia dalle forme monastiche più antiche sia da altre scuole della Terra Pura. Demograficamente, mentre non sono disponibili dati di censimento precisi per il periodo medievale, le prove documentarie indicano che i seguaci provenivano da un'ampia gamma sociale—contadini e cittadini, guerrieri provinciali e piccole élite, così come chierici ordinati—aiutando a spiegare la diffusione geografica del movimento in province al di là della regione della capitale.
Sviluppi istituzionali nel XIV secolo e oltre plasmarono ulteriormente l'identità della scuola. La consolidazione del complesso di Hongan-ji a Kyoto e l'istituzione di un ufficio monshu ereditario organizzarono l'insegnamento dottrinale, la gestione dei beni e la risoluzione dei conflitti; tali uffici mediavano tra le congregazioni locali e la comunità centrale, plasmando la liturgia e la trasmissione di testi autorevoli. Questi processi mostrano come un movimento che iniziò come un insegnamento itinerante e orientato ai laici divenne una presenza istituzionale importante entro la fine del periodo medievale—un'evoluzione che preservò sia le enfasi teologiche di Shinran sia le adattò alle realtà amministrative della religione giapponese medievale.
In sintesi, le origini di Jōdo Shinshū sono radicate nella ricezione e reinterpretazione del pensiero cinese della Terra Pura, nell'insegnamento carismatico di Hōnen alla fine del XII secolo e nella consolidazione dottrinale e organizzativa effettuata da Shinran e dai suoi successori nei XIII e XIV secoli. La combinazione di innovazione dottrinale (sottolineando il potere altrui e l'affidamento), produzione testuale (in particolare il Kyōgyōshinshō e il Tannishō) e creazione di istituzioni durevoli (la formazione precoce di Hongan-ji e l'ufficio monshu) ha preparato il terreno per lo sviluppo storico successivo della tradizione e la sua diffusione in Giappone nei secoli successivi.