Per i Samaritani stessi, le loro origini risalgono ai secoli formativi della religione israelita antica. Le cronache e le tradizioni della comunità collocano la sua fondazione nelle origini del popolo israelita e nella legge mosaica: Mosè è presentato come il legislatore e la Torah samaritana (il Pentateuco così come preservato dai Samaritani) come il testo dato da Dio. I Samaritani si comprendono come continuatori diretti del culto israelita settentrionale centrato sul Monte Gerizim, che identificano come il santuario originale designato da Dio. Questa auto-rappresentazione è esplicita nei testi liturgici samaritani e nel ruolo che il Monte Gerizim gioca come punto focale di culto e pellegrinaggio nell'immaginario e nella vita rituale samaritana.
Storicamente e archeologicamente, il quadro è più complesso, e la ricerca inquadra l'emergere dell'identità samaritana come un processo piuttosto che un singolo evento. Storici e studiosi biblici situano generalmente momenti chiave nella formazione samaritana nel primo millennio a.C., in particolare nei secoli intorno e dopo la conquista assira del regno settentrionale di Israele nel 722 a.C. Le politiche di reinsediamento assire, la disgregazione delle strutture politiche settentrionali e la persistenza di centri cultuali locali nelle terre alte probabilmente crearono un contesto in cui potessero svilupparsi identità comunali distinte. La rivendicazione samaritana di discendere da Efraim e Manasse e dai Leviti è parallela a queste ricostruzioni storiche: i fedeli considerano la discendenza come una verità genealogica viva, mentre gli studiosi leggono queste affermazioni insieme ai cambiamenti demografici e politici nel vicino Oriente antico.
Un conflitto iniziale definitorio che ha plasmato l'auto-definizione samaritana è stata la competizione con la religione giudea centrata su Gerusalemme riguardo alla legittimità della posizione del santuario centrale. La Bibbia ebraica stessa conserva memorie polemiche delle tensioni tra Gerusalemme e i santuari rivali; nel periodo ellenistico queste tensioni si intensificarono. Le fonti samaritane enfatizzano che il Monte Gerizim—non Gerusalemme—era la montagna sacra scelta da Dio. Le fonti ebraiche, specialmente quelle associate al tempio di Gerusalemme e alla letteratura rabbinica successiva, presentano una memoria opposta e a volte una polemica ostile. La disputa specifica sul sito tra Gerizim e Sion è quindi un segno concreto di percorsi divergenti.
Un punto di svolta storicamente documentato che ha lasciato un segno duraturo nella memoria samaritana e regionale più ampia è la distruzione del tempio samaritano sul Monte Gerizim da parte del leader hasmoneo Giovanni I Ircano nel secondo secolo a.C. (comunemente datato intorno al 110 a.C. nelle fonti classiche). Storici ebrei come Giuseppe Flavio registrano la campagna di Ircano e la distruzione dei santuari rivali; la tradizione samaritana ricorda episodi di violenza e spossessamento di quest'epoca. Gli storici moderni trattano le azioni di Ircano e il periodo ellenistico finale in modo più generale come decisivi nel restringere l'autonomia istituzionale samaritana e nella cristallizzazione di un gruppo marginalizzato ma duraturo.
Nell'antichità tardiva, le comunità samaritane produssero i propri leader e riformatori interni che cercarono di consolidare la vita religiosa e la tradizione legale. Una delle figure più conosciute nella tradizione samaritana, Baba Rabba, emerge nelle cronache samaritane come un importante costruttore e organizzatore tra il quarto e il sesto secolo d.C. Se l'impronta storica di Baba Rabba corrisponda esattamente al ritratto letterario nelle cronache samaritane è oggetto di dibattito tra gli studiosi, ma la figura esemplifica il processo attraverso il quale l'identità istituzionale samaritana è stata rafforzata nel periodo bizantino, anche mentre il contesto imperiale più ampio cambiava.
Le comunità samaritane continuarono a vivere nelle terre alte intorno a Sichem (Nablus) e nei villaggi sul e intorno al Monte Gerizim attraverso i secoli medievali. Durante i periodi islamico e ottomano, rimasero piccole e localizzate ma mantennero linee sacerdotali, pratiche rituali e tradizioni manoscritte. I contatti con crociati, mamelucchi, autorità ottomane e successivamente viaggiatori e studiosi europei introdussero nuove pressioni e nuove opportunità di visibilità. L'interesse antiquario europeo nel XIX secolo portò a una maggiore attenzione accademica, alla raccolta di manoscritti e alla pubblicazione di testi samaritani, anche se ciò suscitò tensioni riguardo alla proprietà e all'interpretazione di manoscritti preziosi.
Due segni concreti e verificabili illustrano il lungo arco descritto sopra. In primo luogo, il Pentateuco samaritano stesso—conosciuto nella comunità come la Torah samaritana e preservato nella scrittura samaritana derivata dall'alfabeto paleo-ebraico—rappresenta sia la continuità rivendicata dai fedeli sia la divergenza testuale studiata dagli studiosi. Il Pentateuco samaritano differisce dal testo ebraico masoretico in numerosi passaggi (per esempio, nella forma dei Dieci Comandamenti e nelle enfatizzazioni dei nomi di luogo come il Monte Gerizim), che gli studiosi hanno utilizzato per tracciare la storia testuale del Pentateuco nella regione. In secondo luogo, la distruzione del tempio sul Monte Gerizim da parte di Ircano intorno al 110 a.C. è un evento datato che appare in fonti non samaritane (notabilmente Giuseppe Flavio) ed è ampiamente citato nelle ricostruzioni storiche delle relazioni samaritano-giudaiche.
La storia delle origini samaritane si colloca quindi all'incrocio tra le rivendicazioni della comunità di continuità mosaica e le ricostruzioni accademiche che enfatizzano la contingenza storica, le fratture politiche e la formazione dell'identità all'ombra delle trasformazioni imperiali. I secoli successivi produssero un piccolo gruppo resiliente la cui esistenza è stata ripetutamente attestata in fonti esterne e le cui cronache interne hanno mantenuto viva una memoria dell'antichità. Quella memoria—ancorata al Monte Gerizim, a un corpus pentateuco e a linee sacerdotali—rimane la narrazione fondamentale attraverso cui i Samaritani interpretano la loro emergenza.
Comparativamente, la narrativa delle origini samaritane mostra tensioni comuni a molte minoranze religiose: una rivendicazione di legittimità primordiale accanto a un record storico di marginalizzazione. Dove le scritture e le cronache ebraiche e samaritane offrono rivendicazioni concorrenti riguardo alla posizione cultuale e alla continuità testuale, gli storici leggono entrambi i tipi di evidenza come dati su come le comunità mantengano autorità e identità. In questo modo, le origini samaritane illuminano dinamiche più ampie di memoria, autorità e luogo nel vicino Oriente antico: una tradizione duratura su piccola scala che rivendica una profonda antichità mentre emerge anche da particolari interruzioni storiche.