Gli studiosi collocano le origini di ciò che ora è chiamato Shinto all'interno della lunga formazione sociale e rituale dell'arcipelago giapponese durante i tardi periodi Jōmon e Yayoi e la consolidazione politica del primo stato nel I millennio d.C. Le evidenze archeologiche — tumuli funerari, figurine di argilla e siti rituali antichi in regioni come il cuore Kofun della pianura di Yamato — mostrano forme di venerazione degli antenati, culti di luoghi naturali e operazioni di specialisti rituali molto prima dell'apparizione delle cronache scritte. Tuttavia, i testi storicamente attestati che in seguito divennero autorevoli per l'identità shintoista appaiono solo all'inizio dell'ottavo secolo: il Kojiki (712 d.C.) e il Nihon Shoki (720 d.C.). Questi testi furono prodotti nel contesto della formazione statale del periodo Nara e articolano genealogie di dèi (kami) e imperatori, un movimento letterario con importanza sia religiosa che politica.
L'auto-comprensione della tradizione spesso colloca eventi fondatori nel passato mitico. Secondo le narrazioni conservate nel Kojiki e nel Nihon Shoki, kami come Amaterasu Ōmikami (la dea del sole) e la discesa dell'antenato imperiale presiedono sulle origini dell'arcipelago e della linea imperiale. I seguaci e le linee di santuario trattano quei miti come costitutivi dell'identità rituale; storici e studiosi della letteratura li considerano testi composti in un particolare contesto storico (inizio dell'VIII secolo) che hanno plasmato le nozioni emergenti di legittimità sacra. Questa differenza tra la rivendicazione mitica e la datazione storico-critica è emblematica di una tensione ricorrente negli studi shintoisti: la profondità temporale affermata dai credenti rispetto al record documentario e archeologico utilizzato dagli storici.
Dall'ottavo secolo in poi, le istituzioni statali iniziarono a regolare rituali, offerte e gradi di santuario. L'Engishiki, un insieme di regolamenti del decimo secolo completato nel 927 d.C., elenca i santuari e i rituali richiesti, fornendo agli studiosi moderni uno spaccato amministrativo concreto dell'organizzazione dei santuari nel periodo Heian. L'Engishiki mostra che già nel decimo secolo esisteva un complesso ecosistema di santuari locali, divinità regionali e rituali di corte. Luoghi concreti nominati in questo record amministrativo — ad esempio, il Grande Santuario di Ise (Ise Jingū) dedicato ad Amaterasu e Izumo Taisha nell'attuale Prefettura di Shimane — acquisirono particolare prestigio e svilupparono calendari rituali.
Tuttavia, i primi secoli dopo il Nihon Shoki non furono una semplice consolidazione di un unico Shinto omogeneo. I culti locali e i riti basati sulle clan persistevano; la pratica religiosa era spesso sincretica e variava a livello regionale. Dal sesto secolo in poi, l'arrivo e la diffusione del Buddhismo — registrato nelle storie di corte con date contestate (comunemente citato come metà del VI secolo, spesso 538 o 552 d.C.) — introdussero nuove istituzioni, letterature e tecnologie rituali. Il Buddhismo e i culti kami nativi coesistevano frequentemente in una dinamica chiamata shinbutsu shūgō (fusione di kami e buddha). Templi e santuari erano talvolta co-localizzati; i kami venivano reinterpretati come manifestazioni locali di figure buddiste. Questo sincretismo ha plasmato la vita rituale giapponese per oltre un millennio.
I periodi medievale e moderno iniziale hanno visto ulteriori sviluppi piuttosto che un singolo momento fondatore. Le ere Muromachi (secoli XIV–XVI) ed Edo (1603–1868) hanno visto l'emergere di articolazioni teologiche distintive. Nel periodo Muromachi, famiglie clericali come la linea Yoshida svilupparono liturgie sistematizzate e ruoli sacerdotali (Yoshida Shintō), mentre studiosi di kokugaku (studi nazionali) nel periodo Edo — figure note come Kamo no Mabuchi e Motoori Norinaga — produssero letture filologiche del Kojiki che riemphasizzarono testi e narrazioni native. Queste interventi kokugaku nel XVIII secolo fornirono risorse intellettuali successivamente mobilitate nell'era moderna per riaffermare l'importanza delle tradizioni religiose giapponesi indigene rispetto alle ideologie importate.
La formazione politica moderna del Giappone nella Restaurazione Meiji (1868) creò un punto di svolta decisivo nel modo in cui lo stato e lo Shinto si relazionavano. La politica Meiji istituì politiche che elevarono certi santuari e rituali come strumenti di identità nazionale, un processo amministrativo che gli studiosi hanno etichettato come "Shinto di Stato". Questa riconfigurazione istituzionale includeva la separazione dell'amministrazione dei santuari dalle istituzioni buddiste in legge, l'istituzione di gerarchie di santuari e cerimonie ufficiali che collegavano l'autorità imperiale con forme rituali. I seguaci sperimentarono questi sviluppi in modi diversi: per alcuni rappresentavano una rinascita e una standardizzazione della pratica del santuario, mentre per altri erano un'imposizione di controllo centralizzato sui riti locali.
La fine della Seconda Guerra Mondiale e l'occupazione alleata portarono a un'altra svolta: un insieme di direttive postbelliche e disposizioni costituzionali disimpegnarono l'autorità statale dalle istituzioni shintoiste, vietarono la promozione governativa dello Shinto come strumento di politica e costrinsero la riorganizzazione delle reti di santuari. La Direttiva Shinto dell'Occupazione (dicembre 1945) e le garanzie di libertà religiosa della costituzione giapponese del 1947 sono momenti legali concreti che studiosi e praticanti indicano come inquadranti il panorama contemporaneo.
Comprendere le origini dello Shinto richiede quindi di distinguere almeno tre registri: le narrazioni mitico-storiche conservate dai credenti (Kojiki, Nihon Shoki), le tracce archeologiche e documentarie che gli storici utilizzano per ricostruire la pratica rituale prima e durante la formazione dello stato iniziale, e le riconfigurazioni istituzionali dello stato moderno. Ciascun registro fornisce tipi distinti di evidenza. Una tensione comparativa persiste tra le rivendicazioni riguardanti una tradizione antica e ininterrotta da un lato e le evidenze documentarie per formazioni successive, prestiti e riforme dirette dallo stato dall'altro.
Il risultato è una tradizione il cui "fondamento" non è un singolo punto ma un lungo processo. Santuari, miti e specialisti rituali non apparvero tutti in una volta; si accumularono nel corso dei secoli, assorbendo tecnologie religiose esterne (in particolare il Buddhismo e in seguito idee amministrative confuciane) mantenendo però modelli di culto locale dei kami. Luoghi chiave come Ise Jingū e importanti traguardi documentari come il Kojiki (712) rimangono per i credenti ancore visibili, anche se gli storici continuano a dibattere i particolari della formazione iniziale.
Infine, la categoria "Shinto" stessa è moderna, costruita in parte attraverso le categorie comparative degli studi religiosi moderni e della politica statale nel XIX secolo. Dove i sacerdoti dei santuari e i leader rituali dei villaggi parlavano tradizionalmente di particolari kami e riti, il termine ombrello "Shinto" come religione coerente emerse più chiaramente come parte dell'incontro del Giappone con idee occidentali e dei suoi progetti di modernizzazione alla fine del XIX secolo. Quella costruzione plasmò sia l'auto-comprensione interna dei praticanti sia le classificazioni accademiche esterne, una dinamica che continua ad animare i dibattiti sulle origini sia in ambito accademico che nelle comunità dei santuari.