Pour les Samaritains eux-mêmes, leurs origines remontent aux siècles formateurs de la religion israélite ancienne. Les chroniques et traditions de la communauté situent sa fondation dans les origines du peuple israélite et dans la loi mosaïque : Moïse est présenté comme le législateur et la Torah samaritaine (le Pentateuque tel que préservé par les Samaritains) comme le texte donné par Dieu. Les Samaritains se considèrent comme les continuateurs directs du culte israélite nordique centré sur le mont Garizim, qu'ils identifient comme le sanctuaire original désigné par Dieu. Cette auto-présentation est explicite dans les textes liturgiques samaritains et dans le rôle que joue le mont Garizim en tant que point focal de culte et de pèlerinage dans l'imaginaire et la vie rituelle samaritaine.
Historiquement et archéologiquement, le tableau est plus complexe, et les recherches situent l'émergence de l'identité samaritaine comme un processus plutôt qu'un événement unique. Les historiens et les biblistes situent généralement des moments clés dans la formation samaritaine au premier millénaire avant notre ère, en particulier dans les siècles autour et après la conquête assyrienne du royaume nord d'Israël en 722 avant notre ère. Les politiques de réinstallation assyriennes, la disruption des structures politiques nordiques et la persistance des centres cultuels locaux dans les hautes terres ont probablement créé un contexte dans lequel des identités communautaires distinctes pouvaient se développer. La revendication samaritaine de descendance d'Éphraïm et de Manassé et des Lévites est parallèle à ces reconstructions historiques : les adhérents considèrent la descendance comme une vérité généalogique vivante, tandis que les chercheurs lisent ces revendications aux côtés des changements démographiques et politiques dans le Proche-Orient ancien.
Un conflit précoce déterminant qui a façonné l'auto-définition samaritaine était la concurrence avec la religion centrée sur Juda concernant le lieu légitime du sanctuaire central. La Bible hébraïque elle-même préserve des souvenirs polémiques des tensions entre Jérusalem et des sanctuaires rivaux ; à l'époque hellénistique, ces tensions se sont intensifiées. Les sources samaritaines soulignent que le mont Garizim — et non Jérusalem — était la montagne sacrée choisie par Dieu. Les sources juives, en particulier celles associées au temple de Jérusalem et à la littérature rabbinique ultérieure, présentent un souvenir opposé et parfois une polémique hostile. Le différend spécifique sur Garizim contre Sion est donc un marqueur concret précoce de trajectoires divergentes.
Un tournant historiquement documenté qui a laissé une empreinte durable dans la mémoire samaritaine et régionale plus large est la destruction du temple samaritan sur le mont Garizim par le dirigeant hasmonéen Jean Hyrcan en deuxième siècle avant notre ère (daté communément vers 110 avant notre ère dans les sources classiques). Des historiographes juifs comme Flavius Josèphe enregistrent la campagne de Hyrcan et la destruction des sanctuaires rivaux ; la tradition samaritaine se souvient d'épisodes de violence et de dépossession de cette époque. Les historiens modernes considèrent les actions de Hyrcan et la période hellénistique tardive de manière plus générale comme décisives dans le rétrécissement de l'autonomie institutionnelle samaritaine et la cristallisation d'un groupe marginalisé mais durable.
À la fin de l'Antiquité, les communautés samaritaines ont produit leurs propres dirigeants et réformateurs internes qui cherchaient à consolider la vie religieuse et la tradition légale. L'une des figures les plus connues de la tradition samaritaine, Baba Rabba, émerge dans les chroniques samaritaines comme un grand bâtisseur et organisateur au cours des quatrième à sixième siècles de notre ère. Que l'empreinte historique de Baba Rabba corresponde précisément au portrait littéraire dans les chroniques samaritaines est débattu parmi les chercheurs, mais la figure illustre le processus par lequel l'identité institutionnelle samaritaine a été renforcée à l'époque byzantine même si le contexte impérial plus large a évolué.
Les communautés samaritaines ont continué à vivre dans les hautes terres autour de Sichem (Naplouse) et dans des villages sur et autour du mont Garizim à travers les siècles médiévaux. Pendant les périodes islamique et ottomane, elles sont restées petites et localisées mais ont conservé des lignées sacerdotales, des pratiques rituelles et des traditions manuscrites. Les contacts avec les croisés, les Mamelouks, les autorités ottomanes et plus tard les voyageurs et érudits européens ont introduit de nouvelles pressions et de nouvelles opportunités de visibilité. L'intérêt des antiquaires européens au 19e siècle a conduit à une attention académique plus large, à la collecte de manuscrits et à la publication de textes samaritains, même si cela a également suscité des tensions concernant la propriété et l'interprétation de précieux manuscrits.
Deux marqueurs concrets et vérifiables illustrent l'arc long décrit ci-dessus. Tout d'abord, le Pentateuque samaritan lui-même — connu dans la communauté sous le nom de Torah samaritaine et préservé dans l'écriture samaritaine dérivée de l'alphabet paléo-hébreu — représente à la fois la continuité revendiquée par les adhérents et la divergence textuelle étudiée par les chercheurs. Le Pentateuque samaritan diffère du texte hébreu massorétique dans un certain nombre de lectures (par exemple, dans la forme des Dix Commandements et dans les emphases sur les noms de lieux tels que le mont Garizim), que les chercheurs ont utilisées pour tracer l'histoire textuelle du Pentateuque dans la région. Deuxièmement, la destruction du temple du mont Garizim par Hyrcan vers 110 avant notre ère est un événement daté qui apparaît dans des sources non samaritaines (notamment Flavius Josèphe) et est largement cité dans les reconstructions historiques des relations samarito-juives.
L'histoire d'origine samaritaine se situe donc à l'intersection des revendications de continuité mosaïque de la communauté et des reconstructions académiques qui mettent l'accent sur la contingence historique, les ruptures politiques et la formation de l'identité à l'ombre des transformations impériales. Les siècles suivants ont produit un petit groupe résilient dont l'existence a été régulièrement attestée dans des sources externes et dont les chroniques internes ont maintenu vivante une mémoire de l'antiquité. Cette mémoire — ancrée au mont Garizim, à un corpus pentateuchal et à des lignées sacerdotales — reste le récit fondateur par lequel les Samaritains interprètent leur émergence.
Comparativement, le récit d'origine samaritaine présente des tensions communes à de nombreuses minorités religieuses : une revendication de légitimité primordiale aux côtés d'un récit historique de marginalisation. Là où les écritures et chroniques juives et samaritaines offrent des revendications concurrentes concernant le lieu cultuel et la continuité textuelle, les historiens lisent ces deux types de preuves comme des données sur la manière dont les communautés maintiennent leur autorité et leur identité. De cette manière, les débuts samaritains éclairent des dynamiques plus larges de mémoire, d'autorité et de lieu dans le Proche-Orient ancien : une tradition durable à petite échelle revendiquant une grande antiquité tout en émergeant également de perturbations historiques particulières.